PDB-5gj4: Structure of NS2B-NS3 Protease from Zika Virus caught after self-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gj4

タイトル

Structure of NS2B-NS3 Protease from Zika Virus caught after self-cleavage

要素

Serine protease NS3
Serine protease subunit NS2B

キーワード

HYDROLASE / Zika virus protease / antiviral drug discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

Thrombin, subunit H - #120 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Zika virus (ジカ熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.839 Å

データ登録者

Phoo, W.W. / Li, Y.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the NS2B-NS3 protease from Zika virus after self-cleavage.
著者: Phoo, W.W. / Li, Y. / Zhang, Z. / Lee, M.Y. / Loh, Y.R. / Tan, Y.B. / Ng, E.Y. / Lescar, J. / Kang, C. / Luo, D.

履歴

登録	2016年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gj4.cif.gz	335.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gj4.ent.gz	271.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5gj4_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gj4_full_validation.pdf.gz	487.1 KB	表示
XML形式データ	5gj4_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	5gj4_validation.cif.gz	65.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/5gj4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2fp7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qyi-d 2d44-d 6d6z-d 4mdf-d 4dhe-d 2vid-d 4z7f-3 4qan-1 2xwm-d 1fmz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (43) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (43) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine protease subunit NS2B

B: Serine protease NS3

C: Serine protease subunit NS2B

D: Serine protease NS3

E: Serine protease subunit NS2B

F: Serine protease NS3

G: Serine protease subunit NS2B

H: Serine protease NS3

ヘテロ分子

103 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease subunit NS2B

B: Serine protease NS3

E: Serine protease subunit NS2B

F: Serine protease NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Serine protease subunit NS2B

D: Serine protease NS3

G: Serine protease subunit NS2B

H: Serine protease NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.790, 88.790, 138.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Serine protease subunit NS2B 分子量: 6721.369 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1411-1462,UNP residues 1492-1496 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#2: タンパク質	Serine protease NS3 分子量: 18980.539 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1497-1673 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) 株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Malonate, pH 4.0, 10% PEG 3350 / PH範囲: 4.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月12日
放射	モノクロメーター: double channel cut fixed exit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→76.9 Å / Num. obs: 105911 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.84→1.9 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		data processing
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FP7

2fp7

解像度: 1.839→31.496 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.73 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	5030	4.86 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1812	103548	97.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.839→31.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5898	0	2	1138	7038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	8148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.348	3520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	903
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1056

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8392-1.8709	0.2844	248	0.2624	5022	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8709-1.905	0.3877	229	0.3423	4359	X-RAY DIFFRACTION	82
1.905-1.9416	0.6117	222	0.5985	4146	X-RAY DIFFRACTION	79
1.9416-1.9812	0.2382	240	0.2454	5080	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9812-2.0243	0.2405	231	0.2087	5126	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0243-2.0714	0.2258	298	0.2182	4906	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0714-2.1231	0.2189	230	0.2068	5062	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1231-2.1805	0.2303	228	0.2072	5071	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1805-2.2447	0.315	190	0.3227	4757	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2447-2.3171	0.3472	267	0.3223	4644	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3171-2.3999	0.217	252	0.1959	5144	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3999-2.4959	0.2389	234	0.1848	4994	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4959-2.6094	0.2402	320	0.198	5012	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6094-2.7469	0.1965	254	0.1728	5002	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7469-2.9189	0.1892	265	0.1703	5000	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9189-3.144	0.1648	262	0.1502	5026	X-RAY DIFFRACTION	95
3.144-3.46	0.181	252	0.1459	5047	X-RAY DIFFRACTION	95
3.46-3.9596	0.1641	291	0.1319	4992	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9596-4.9848	0.1427	259	0.1004	5042	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9848-29.5125	0.1557	226	0.1226	5062	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5136	0.5846	-0.2323	1.1179	-0.8159	0.7191	-0.0555	-0.0414	-0.0012	0.0892	0.0868	0.1633	-0.1218	0.0175	0.0127	0.1952	0.0383	0.0027	0.1893	0.0322	0.2167	1.6065	8.2974	0.447
2	0.217	0.1846	0.1774	0.1974	0.2189	0.114	-0.11	-0.2003	0.1201	0.0788	-0.0966	-0.4475	-0.0288	0.0542	-0.0014	0.2584	-0.0039	-0.0032	0.1644	0.0473	0.4673	16.183	23.7672	0.7465
3	0.3115	-0.186	-0.2927	0.2689	0.0265	0.1778	0.0988	0.0844	0.0106	-0.1353	-0.0415	-0.0585	0.2335	0.1168	0.0002	0.2131	0.0239	0.0008	0.211	0.0185	0.2173	10.0134	-1.4245	-1.44
4	0.0584	0.0901	-0.0602	0.3502	-0.0181	0.0181	-0.022	-0.0233	0.0856	-0.0389	0.0759	-0.1754	0.0075	0.1769	-0	0.2272	0.0764	0.0165	0.2716	0.0369	0.2205	13.5462	0.0681	2.8382
5	0.4664	0.0609	-0.3446	0.2305	-0.2066	0.2704	0.0057	0.1225	0.2088	-0.0492	-0.1178	-0.1344	0.1113	0.0388	0.0001	0.2478	0.002	0.0474	0.2504	0.0441	0.2622	13.8969	6.8427	-7.0356
6	0.3709	-0.3078	0.117	0.297	0.0107	0.053	-0.0195	0.13	-0.0545	-0.0244	0.0251	-0.4156	-0.0304	0.0595	-0.0105	0.2941	0.1115	0.0861	0.2696	0.0042	0.3596	18.4875	-2.7678	-7.1961
7	0.3133	-0.0807	0.0107	0.1113	0.0392	-0.0428	0.1853	0.1478	0.2378	-0.2038	-0.476	-0.1306	-0.1535	0.0451	-0.0135	0.2957	-0.006	0.0739	0.2638	0.0832	0.3352	17.6344	11.0816	-10.5128
8	0.6565	-0.0615	0.035	0.8328	0.3256	0.5596	-0.313	1.3428	-0.1383	-0.4845	0.232	0.3603	0.0726	-0.3217	-0.0061	0.3222	0.0229	-0.0819	0.2698	0.3522	0.2202	3.9847	14.4286	-12.3586
9	0.2214	0.175	0.1205	0.238	0.0785	0.0155	-0.0959	0.0063	0.1522	0.0657	-0.0854	0.0752	-0.0185	0.1225	0.0001	0.1826	0.0259	0.0009	0.2013	0.0207	0.2043	0.5174	8.0528	3.9523
10	0.2673	-0.2045	0.0837	0.4752	0.3999	0.4854	0.2862	-0.0027	0.2959	0.0939	-0.2107	0.3181	-0.1627	0.0555	0.0144	0.275	0.0704	-0.0006	0.1821	0.0779	0.3485	0.7894	20.734	-0.2209
11	0.2343	0.1733	0.2638	0.1777	0.06	0.2204	0.0901	0.0913	0.1901	0.0588	-0.0795	-0.0412	-0.0342	0.0911	0	0.2264	0.0269	0.0323	0.1836	0.0429	0.2718	7.4873	18.0867	0.8083
12	0.1264	0.0518	0.0876	-0.0058	-0.0203	0.0169	0.0562	-0.0665	0.3372	-0.1797	0.1512	0.2979	-0.111	-0.3164	0.0077	0.2862	-0.0154	-0.0501	0.2537	0.1077	0.2539	-2.9891	11.8867	-7.9385
13	0.1521	0.1274	-0.1698	0.3747	-0.413	0.4626	0.2055	0.0565	0.1184	0.1887	-0.0533	-0.0933	-0.0893	-0.3018	0.0185	0.2344	0.0462	0.0266	0.2046	0.058	0.2528	8.3877	19.6116	3.7306
14	0.7053	-0.0591	0.0782	0.5607	0.3759	0.3117	-0.4181	0.5761	0.3766	-0.7422	0.1157	-0.5745	-0.1471	0.5985	-0.0529	0.3744	0.0399	0.0954	0.3121	0.1106	0.4031	8.9493	15.6734	-12.0287
15	0.0395	-0.3053	0.0681	1.2641	-0.7292	0.3494	-0.1649	0.087	0.2069	0.1138	0.1227	0.0042	-0.0546	0.0095	-0.0178	0.1815	-0.0134	0.0144	0.2032	0.0356	0.2335	4.6272	50.2052	35.2497
16	0.3452	0.1038	-0.4931	0.7997	-0.5453	0.6446	-0.2266	-0.0707	0.0103	-0.2799	0.0379	-0.0615	0.0459	0.0561	0.0002	0.3985	-0.0335	-0.0369	0.2776	0.0167	0.434	6.619	28.1178	32.3349
17	0.1078	0.0143	0.0148	0.0355	0.022	-0.0103	-0.2308	0.2442	-0.4222	-0.7614	0.1218	-0.3794	0.2147	0.2093	0.0003	0.3452	0.0191	0.0673	0.244	0.0092	0.4651	14.9654	29.4055	29.7586
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精密化 TLSグループ

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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 146 through 163 )
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 49 through 63 )
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 29 through 53 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 54 through 66 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 67 through 106 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 119 through 170 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 49 through 53 )
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 79 through 83 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 84 through 130 )
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 49 through 63 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 64 through 78 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 79 through 130 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 19 through 42 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 43 through 53 )
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 80 through 93 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 94 through 106 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 107 through 118 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 119 through 137 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 138 through 163 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 164 through 171 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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