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- PDB-5ftu: Tetrameric complex of Latrophilin 3, Unc5D and FLRT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ftu
タイトルTetrameric complex of Latrophilin 3, Unc5D and FLRT2
要素
  • ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
  • LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
  • NETRIN RECEPTOR UNC5D
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNALLING PROTEIN / LEUCINE-RICH REPEAT (ロイシンリッチリピート) / LRR / UNC5 / APOPTOSIS (アポトーシス) / UNCOORDINATED-5 / NETRIN RECEPTOR / FLRT / LATROPHILIN / ADHESION (接着) / REPULSION / GUIDANCE / BETA PROPELLOR / IMMUNOGLOBULIN (抗体) / THROMBOSPONDIN / OLFACTOMEDIN / LECTIN (レクチン) / TETRAMER (四量体)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in heart morphogenesis / Downstream signaling of activated FGFR1 / netrin receptor activity / locomotion involved in locomotory behavior / regulation of neuron migration / basement membrane organization / maintenance of postsynaptic specialization structure / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / fibroblast growth factor receptor binding / pyramidal neuron differentiation ...cell adhesion involved in heart morphogenesis / Downstream signaling of activated FGFR1 / netrin receptor activity / locomotion involved in locomotory behavior / regulation of neuron migration / basement membrane organization / maintenance of postsynaptic specialization structure / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / fibroblast growth factor receptor binding / pyramidal neuron differentiation / chemorepellent activity / positive regulation of synapse assembly / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / synapse assembly / response to cocaine / 軸索誘導 / G protein-coupled receptor activity / synapse organization / neuron migration / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell junction / postsynaptic membrane / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / 神経繊維 / focal adhesion / シナプス / glutamatergic synapse / apoptotic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / extracellular space / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
UNC5D, Death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / Leucine rich repeat C-terminal domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / GAIN domain, N-terminal ...UNC5D, Death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / Leucine rich repeat C-terminal domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / ガラクトース結合性レクチンドメイン / SUEL-type lectin domain profile. / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GPS domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Death domain / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Death-like domain superfamily / ロイシンリッチリピート / フィブロネクチンIII型ドメイン / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin receptor UNC5D / Adhesion G protein-coupled receptor L3 / Leucine-rich repeat transmembrane protein FLRT2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.01 Å
データ登録者Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. ...Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. / Robinson, C.V. / Klein, R. / Seiradake, E.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Super-Complexes of Adhesion Gpcrs and Neural Guidance Receptors
著者: Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / Del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. / Robinson, C.V. / Klein, R. / Seiradake, E.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Other
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NETRIN RECEPTOR UNC5D
B: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
C: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
D: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
E: NETRIN RECEPTOR UNC5D
F: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
G: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
H: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
I: NETRIN RECEPTOR UNC5D
J: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
K: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
L: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,82533
ポリマ－426,45512
非ポリマー2,36921
水0
1
A: NETRIN RECEPTOR UNC5D
B: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
C: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
D: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,94211
ポリマ－142,1524
非ポリマー7907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: NETRIN RECEPTOR UNC5D
F: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
G: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
H: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,94211
ポリマ－142,1524
非ポリマー7907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
I: NETRIN RECEPTOR UNC5D
J: LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2
K: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
L: ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,94211
ポリマ－142,1524
非ポリマー7907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)292.360, 292.360, 291.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.001, -1, -0.001), (-0.005, -0.001, 1), (-1, 0.001, -0.005)219.568, -181.61, 402.891
2given(0.001, -1), (-1, 0.007, -0.001), (0.007, 1)401.036, 218.484, 181.537
3given(0.002, -1, 0.001), (-0.001, 0.001, 1), (-1, 0.002, 0.001)218.953, -182.022, 401.162

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 AEIBFJCDGHKL

#1: タンパク質 NETRIN RECEPTOR UNC5D


分子量: 15923.799 Da / 分子数: 3 / 断片: IMMUNOGLOBULIN-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: F1LW30
#2: タンパク質 LEUCINE-RICH REPEAT TRANSMEMBRANE PROTEIN FLRT2 / FIBRONECTIN LEUCINE RICH TRANSMEMBRANE PROTEIN 2 / FLRT2


分子量: 38411.934 Da / 分子数: 3 / 断片: LEUCINE-RICH REPEAT DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BLU0
#3: タンパク質
ADHESION G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR L3


分子量: 43908.012 Da / 分子数: 6 / 断片: LECTIN AND OLFACTOMEDIN DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q80TS3

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糖 , 1種, 9分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→92.45 Å / Num. obs: 16120 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 75.7 % / Biso Wilson estimate: 459.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 0.89
反射 シェル解像度: 6→6.15 Å / 冗長度: 74.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FTT, 5AFB, 4V2C

5ftt

5afb

4v2c


解像度: 6.01→206.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7473 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 2.098
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 719 4.55 %RANDOM
Rwork0.2757 ---
obs0.2758 15788 97.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 187.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.598 Å20 Å20 Å2
2---2.598 Å20 Å2
3---5.1959 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.01→206.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25542 0 138 0 25680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00726295HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8635769HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8931SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes747HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3840HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26295HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26716SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 6.01→6.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 122 4.82 %
Rwork0.2233 2411 -
all0.2237 2533 -
obs--97.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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