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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fp2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the siderophore receptor PirA from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | (FERRIC ENTEROBACTIN RECEPTOR PIRA) x 2 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / TONB-DEPENDENT RECEPTOR / SIDEROPHORE RECEPTOR / OUTER-MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / siderophore transmembrane transport / : / siderophore uptake transmembrane transporter activity / siderophore transport / signaling receptor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Moynie, L. / Tortajada, A. / Naismith, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017 タイトル: Structure and Function of the PiuA and PirA Siderophore-Drug Receptors from Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. 著者: Moynie, L. / Luscher, A. / Rolo, D. / Pletzer, D. / Tortajada, A. / Weingart, H. / Braun, Y. / Page, M.G. / Naismith, J.H. / Kohler, T. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fp2.cif.gz | 422.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fp2.ent.gz | 352.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/5fp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/5fp2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.6931, -0.3621, 0.6233), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79460.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I527 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PEPTIDE THOUGHT PART OF THE MAIN PROTEIN CHAIN BUT CANNOT BE CONFIRMED. 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: 化合物 | #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 17% PEG 3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→52.49 Å / Num. obs: 36861 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→3.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FEP 解像度: 2.97→52.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 59.586 / SU ML: 0.479 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.508 / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 126.995 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.97→52.49 Å
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拘束条件 |
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