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- PDB-5f90: Crystal structure of a Crenomytilus grayanus lectin in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f90
タイトルCrystal structure of a Crenomytilus grayanus lectin in complex with Gb3 allyl
要素GalNAc/Gal-specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin (レクチン)
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / 2-Propen-1-ol / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Galactose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Crenomytilus grayanus (エゾイガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Liao, J.-H. / Huang, K.-F. / Tu, I.-F. / Lee, I.-M. / Wu, S.-H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council and Ministry of Science and TechnologyNSC 100-2113-M-001-022-MY3, NSC 102-2811-M-001-132, MOST 103-2113-M-001-029-MY3, MOST 103-2811-M-001-126, NSC 103-2923-M-001-006-MY3, NSC 100-2113-M-001-031-MY2, NSC 102-2113-M-001-017-MY2 台湾
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Multivalent Marine Lectin from Crenomytilus grayanus Possesses Anti-cancer Activity through Recognizing Globotriose Gb3
著者: Liao, J.-H. / Chien, C.-T. / Wu, H.-Y. / Huang, K.-F. / Wang, I. / Ho, M.-R. / Tu, I.-F. / Lee, I.-M. / Li, W. / Shih, Y.-L. / Wu, C.-Y. / Lukyanov, P.A. / Hsu, S.D. / Wu, S.-H.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GalNAc/Gal-specific lectin
B: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,27111
ポリマ－35,7652
非ポリマー2,5069
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.043, 72.464, 94.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GalNAc/Gal-specific lectin


分子量: 17882.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crenomytilus grayanus (エゾイガイ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2FH31

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 427分子

#4: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸 / リンゴ酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H6O5
#5: 化合物 ChemComp-5VQ / 2-Propen-1-ol / allyl alcohol / アリルアルコ-ル / アリルアルコール


分子量: 58.079 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M imidazole malate, 25%(w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 44506 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 44.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.64→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.811 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16678 2090 4.8 %RANDOM
Rwork0.11741 ---
obs0.11978 41184 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 166 423 2987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.9943605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7653.0345649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2555299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63423.92125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43115405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3161510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4290.9781196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4150.9741195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.651.4651492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6681.4671493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.671.4331458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.671.4341459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.162.0412113
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.46511.0833176
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.7359.9782983
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.85735086
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.7745152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.10355273
LS精密化 シェル解像度: 1.644→1.687 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 111 -
Rwork0.204 2124 -
obs--68.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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