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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ezs | ||||||
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タイトル | Venezuelan Equine Encephalitis Virus (VEEV) Nonstructural Protein 2 (nsP2) Cysteine Protease Inhibited by E64d | ||||||
要素 | Non-structural Protein 2 Cysteine Protease | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Papain-like Cysteine protease / Clan CN / E64d adduct / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
データ登録者 | Legler, P.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Kinetic, Mutational, and Structural Studies of the Venezuelan Equine Encephalitis Virus Nonstructural Protein 2 Cysteine Protease. 著者: Hu, X. / Compton, J.R. / Leary, D.H. / Olson, M.A. / Lee, M.S. / Cheung, J. / Ye, W. / Ferrer, M. / Southall, N. / Jadhav, A. / Morazzani, E.M. / Glass, P.J. / Marugan, J. / Legler, P.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ezs.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ezs.ent.gz | 60.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ezs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38341.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (strain Trinidad donkey) (ウイルス) 株: Trinidad donkey / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P27282, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-E6D / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: JCSG+ Condition #8 (0.2 M Ammonium formate, 20% PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→60.89 Å / Num. obs: 18605 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.0591 / Net I/σ(I): 14.16 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.26 Å / 冗長度: 4.04 % / Rmerge(I) obs: 0.2655 / Mean I/σ(I) obs: 4.91 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HWK 解像度: 2.16→51.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.415 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.16→51.31 Å
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拘束条件 |
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