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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5exa | ||||||
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タイトル | Small-molecule stabilization of the 14-3-3/Gab2 PPI interface | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / GAB2 / Protein (タンパク質) / Diphosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Golgi reassembly / synaptic target recognition / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / respiratory system process / establishment of Golgi localization / positive regulation of mast cell degranulation / STAT5 Activation / tube formation / Rap1 signalling ...Golgi reassembly / synaptic target recognition / regulation of synapse maturation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / respiratory system process / establishment of Golgi localization / positive regulation of mast cell degranulation / STAT5 Activation / tube formation / Rap1 signalling / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / GP1b-IX-V activation signalling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / lung development / regulation of protein stability / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / メラノソーム / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription factor binding / 血管新生 / vesicle / transmembrane transporter binding / blood microparticle / cadherin binding / 脂質ラフト / protein domain specific binding / protein phosphorylation / focal adhesion / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Bier, D. / Ottmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016 タイトル: Small-Molecule Stabilization of the 14-3-3/Gab2 Protein-Protein Interaction (PPI) Interface. 著者: Bier, D. / Bartel, M. / Sies, K. / Halbach, S. / Higuchi, Y. / Haranosono, Y. / Brummer, T. / Kato, N. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5exa.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5exa.ent.gz | 89.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5exa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5exa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5exa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 26316.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1380.467 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 387-395 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQC2 |
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-非ポリマー , 4種, 198分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 49195 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.714 Å2 / Rmerge F obs: 0.064 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 21.35 / Num. measured all: 247516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2372 / WRfactor Rwork: 0.1987 / FOM work R set: 0.8568 / SU B: 3.085 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1448 / SU Rfree: 0.1376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 269.21 Å2 / Biso mean: 31.043 Å2 / Biso min: 13.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→48.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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