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- PDB-5emi: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC2 of Nostoc punctiforme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emi
タイトルN-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiC2 of Nostoc punctiforme
要素Cell wall hydrolase/autolysin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / multicellular cyanobacteria / peptidoglycan (ペプチドグリカン) / nanopore formation
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zn-dependent exopeptidases / AMIN domain / AMIN domain / Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall hydrolase/autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Buettner, F.M. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation766 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Enabling cell-cell communication via nanopore formation: structure, function and localization of the unique cell wall amidase AmiC2 of Nostoc punctiforme.
著者: Buttner, F.M. / Faulhaber, K. / Forchhammer, K. / Maldener, I. / Stehle, T.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell wall hydrolase/autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3095
ポリマ－19,8121
非ポリマー4974
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.030, 62.760, 65.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell wall hydrolase/autolysin


分子量: 19811.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (strain ATCC 29133 / PCC 73102) (バクテリア)
遺伝子: Npun_F1846 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J2S4, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 microL of protein (3.7 mg/ml) was mixed with 1 microL of well solution containing 120 mM alcohols (mixture of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, and 1,3- ...詳細: 1 microL of protein (3.7 mg/ml) was mixed with 1 microL of well solution containing 120 mM alcohols (mixture of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, and 1,3-propanediol), 100 mM MES/imidazole at pH 6.5, and 37.5 % PEG1000/PEG3350/MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 52924 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.54
反射 シェル解像度: 1.12→1.15 Å / 冗長度: 6.58 % / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / CC1/2: 0.884 / % possible all: 69.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jwq

1jwq


解像度: 1.12→45.246 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.146 2647 5 %
Rwork0.1342 --
obs0.1348 52922 94.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→45.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1387 0 29 178 1594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4921987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1202-1.14060.1722970.17421828X-RAY DIFFRACTION66
1.1406-1.16250.16971150.15382200X-RAY DIFFRACTION80
1.1625-1.18620.13691260.13922389X-RAY DIFFRACTION87
1.1862-1.2120.11391310.12962477X-RAY DIFFRACTION89
1.212-1.24020.11821330.12452545X-RAY DIFFRACTION92
1.2402-1.27120.10411360.1232576X-RAY DIFFRACTION93
1.2712-1.30560.13241380.12272615X-RAY DIFFRACTION94
1.3056-1.3440.12551400.12032662X-RAY DIFFRACTION96
1.344-1.38740.11231440.12052733X-RAY DIFFRACTION98
1.3874-1.4370.09921430.11272713X-RAY DIFFRACTION98
1.437-1.49460.1441440.10882752X-RAY DIFFRACTION99
1.4946-1.56260.12911470.10622792X-RAY DIFFRACTION100
1.5626-1.6450.12871480.10652804X-RAY DIFFRACTION100
1.645-1.7480.15351470.12242805X-RAY DIFFRACTION100
1.748-1.8830.1421480.13022803X-RAY DIFFRACTION100
1.883-2.07250.16591500.12342841X-RAY DIFFRACTION100
2.0725-2.37240.16291490.1362838X-RAY DIFFRACTION100
2.3724-2.98890.15471520.15792885X-RAY DIFFRACTION100
2.9889-45.28290.15471590.14883017X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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