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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ek5 | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF IRMA FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | IRMA | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / FIBRONECTIN FOLD / VIRULENCE / SECRETED PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Interleukin receptor mimic protein A / interleukin receptor mimic protein A / ギ酸 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli CFT073 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Heras, B. / Moriel, D.G. / Paxman, J.J. / Schembri, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2016 タイトル: Molecular and Structural Characterization of a Novel Escherichia coli Interleukin Receptor Mimic Protein. 著者: Moriel, D.G. / Heras, B. / Paxman, J.J. / Lo, A.W. / Tan, L. / Sullivan, M.J. / Dando, S.J. / Beatson, S.A. / Ulett, G.C. / Schembri, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ek5.cif.gz | 109 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ek5.ent.gz | 89 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ek5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14369.842 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli CFT073 (大腸菌) / 株: CFT073 遺伝子: ACM20_11530, HUS2011_3591, SK67_04736, SK69_02333, SK70_03200, SK71_02973, SK75_00406, SK76_00877, SK83_00395, SK84_04099, SK86_02365, SY51_17055 プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q6KD75, UniProt: A0A0H2VAX3*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 120分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 9.0 AND 2% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 2000, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 294K PH範囲: 9 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.26→47 Å / Num. obs: 13278 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 37.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→47 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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