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- PDB-5edn: Structure of HOXB13-DNA(TCG) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5edn
タイトルStructure of HOXB13-DNA(TCG) complex
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein Hox-B13ホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / DNA (デオキシリボ核酸) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / response to testosterone / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 血管新生 ...epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / response to testosterone / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 血管新生 / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / Hox protein A13 N terminal / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / Hox protein A13 N terminal / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein Hox-B13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima.
著者: Morgunova, E. / Yin, Y. / Das, P.K. / Jolma, A. / Zhu, F. / Popov, A. / Xu, Y. / Nilsson, L. / Taipale, J.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Hox-B13
B: Homeobox protein Hox-B13
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
G: Homeobox protein Hox-B13
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
J: Homeobox protein Hox-B13
K: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,67913
ポリマ－82,55612
非ポリマー1221
水30617
1
A: Homeobox protein Hox-B13
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7614
ポリマ－20,6393
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
2
B: Homeobox protein Hox-B13
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6393
ポリマ－20,6393
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
3
G: Homeobox protein Hox-B13
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6393
ポリマ－20,6393
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
4
J: Homeobox protein Hox-B13
K: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6393
ポリマ－20,6393
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.618, 52.522, 389.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
Homeobox protein Hox-B13 / ホメオボックス


分子量: 8989.539 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 209-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXB13 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q92826
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5857.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 5791.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, potassium chloride, magnesium chloride, PEG 400, Tris
PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日
放射モノクロメーター: silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.613
11K, H, -L20.387
反射解像度: 3.2→46.29 Å / Num. obs: 17652 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XRM

4xrm


解像度: 3.2→46.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 19.626 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2813 916 5.2 %RANDOM
Rwork0.21617 ---
obs0.21934 16610 92.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 120.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--93.34 Å20 Å20 Å2
2--74.62 Å20 Å2
3---18.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 3116 8 17 5197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0145572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.458116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50639143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2955238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87420.90999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.61815473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8861535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.52611.683965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.53411.684963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.30517.5211198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.29817.5241199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.11712.6364607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.11712.6364607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.81218.8476919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined22.76210193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other22.76110194
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.196→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 41 -
Rwork0.301 873 -
obs--64.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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