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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+44 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of holo-FNR of A. fischeri | ||||||
要素 | FNR regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / labile dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aliivibrio fischeri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015 タイトル: The crystal structure of the global anaerobic transcriptional regulator FNR explains its extremely fine-tuned monomer-dimer equilibrium. 著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Nicolet, Y. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e44.cif.gz | 107.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e44.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/5e44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29223.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-250 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア) 遺伝子: fnr / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70ET4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: MPD, MES, dithionite, anaerobic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月4日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→47.95 Å / Num. all: 9630 / Num. obs: 9607 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 82.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 244255 / Scaling rejects: 6 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4i20 解像度: 2.65→47.949 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: BIJVOET PAIRS WERE TREATED AS INDEPENDENT OBSERVATIONS ALLOWING TO MODEL ANOMALOUS CONTRIBUTIONS OF FE AND S ATOMS, AS THIS GAVE SIGNIFICANTLY IMPROVED REFINEMENT STATISTICS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.32 Å2 / Biso mean: 96.0049 Å2 / Biso min: 53.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→47.949 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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