PDB-5dse: Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dse

タイトル

Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex

要素

Hyccin
Tetratricopeptide repeat protein 7B

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / PI4P synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process /

髄鞘 / protein localization to plasma membrane / neuron projection /

細胞膜 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wu, X. / Baskin, J.M. / Reinisch, K.M. / De Camilli, P.

引用

ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2016
タイトル: The leukodystrophy protein FAM126A (hyccin) regulates PtdIns(4)P synthesis at the plasma membrane.
著者: Baskin, J.M. / Wu, X. / Christiano, R. / Oh, M.S. / Schauder, C.M. / Gazzerro, E. / Messa, M. / Baldassari, S. / Assereto, S. / Biancheri, R. / Zara, F. / Minetti, C. / Raimondi, A. / Simons, ...

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dse.cif.gz	714.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dse.ent.gz	590.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5dse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5dse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n5c
類似構造データ	3wak-d 5gmy-d 7dc8-1 2x4p-d 3v5h-d 4yh6-d 6apn-d 2x4n-d 3dgc-d 6loh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tetratricopeptide repeat protein 7B

B: Hyccin

C: Tetratricopeptide repeat protein 7B

D: Hyccin

257 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetratricopeptide repeat protein 7B

B: Hyccin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tetratricopeptide repeat protein 7B

D: Hyccin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.779, 168.068, 239.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tetratricopeptide repeat protein 7B / / TPR repeat protein 7B / Tetratricopeptide repeat protein 7-like-1 / TPR repeat protein 7-like-1 分子量: 93661.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC7B, TTC7L1 / プラスミド: pCOLADuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86TV6
#2: タンパク質	Hyccin / Down-regulated by CTNNB1 protein A / Protein FAM126A 分子量: 34919.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM126A, DRCTNNB1A / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BYI3
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201) PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→29.96 Å / Num. all: 64836 / Num. obs: 64827 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.2 % / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1630)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.9→29.959 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2417	1999	3.08 %	Random selection
R_work	0.2123	-	-	-
obs	0.2132	64827	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13824	0	0	51	13875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.66	19077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.399	5214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	2181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9725	0.332	138	0.2711	4343	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9725-3.0528	0.3525	140	0.2716	4400	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0528-3.1425	0.3361	141	0.273	4441	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1425-3.2438	0.313	140	0.2703	4414	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2438-3.3596	0.2986	141	0.2473	4424	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3596-3.4939	0.2901	141	0.2238	4442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4939-3.6527	0.2512	143	0.2224	4470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6527-3.8449	0.2186	141	0.206	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8449-4.0852	0.2127	144	0.184	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0852-4.3997	0.2058	143	0.1731	4508	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3997-4.8408	0.2086	144	0.174	4532	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8408-5.5375	0.2433	146	0.2043	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5375-6.9622	0.2425	146	0.242	4586	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9622-29.9605	0.2202	151	0.2086	4742	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.395	1.3274	-0.5235	2.4627	-0.5218	0.0869	-0.2719	0.4751	0.9335	-0.0038	0.1196	-0.4935	-0.2999	0.2835	0.072	0.9254	-0.1959	-0.1627	0.9298	0.3613	1.8671	62.7402	100.1795	110.0209
2	2.424	0.6529	0.8069	3.0617	0.4328	1.7004	-0.0498	0.0916	-0.0064	0.4185	0.1492	-0.6486	0.0849	0.1078	-0.0808	0.5495	0.071	-0.0222	0.4957	-0.0193	0.5285	33.1062	61.3678	114.3537
3	0.6083	-0.3649	0.3761	2.8287	0.529	1.2213	-0.0348	-0.0335	-0.1051	0.0986	0.0173	0.3155	0.2271	-0.2595	0.0042	0.4128	-0.0422	0.125	0.5436	0.0452	0.5061	12.4883	53.2355	100.1996
4	0.5361	0.7891	0.6608	1.6337	1.4181	1.2295	0.566	-0.9126	1.2527	1.6338	-0.4759	0.5501	-0.6501	-0.2956	-0.1717	1.8608	-0.1376	0.0802	0.933	-0.4317	1.451	36.2936	91.875	139.688
5	4.7179	2.6795	-0.9996	3.1416	-1.4226	2.2775	-0.1483	1.0368	1.8854	0.2801	0.3819	0.6343	-0.2134	-0.4077	-0.2634	0.9561	0.0614	-0.0314	0.7427	0.2092	1.5559	38.289	91.0759	117.6193
6	3.1312	-0.9378	0.3894	3.4632	-0.3241	3.0826	0.0282	-0.1674	0.3634	1.2048	-0.2163	-1.0789	-0.2255	0.5078	0.1196	0.8156	-0.044	-0.2738	0.5441	-0.0303	1.0223	50.0641	77.118	126.8829
7	1.9748	2.5247	-1.2803	6.4824	-1.91	0.9692	0.0439	-0.1139	-0.1302	0.1059	-0.1126	-0.3092	-0.1469	0.0055	0.0523	0.5924	-0.0206	0.005	0.6192	0.1399	0.4959	90.2595	89.071	67.4238
8	9.2298	2.5213	-2.615	3.4951	-1.4075	2.3045	0.2681	-0.5749	0.9594	-0.0758	-0.295	0.4762	-0.4001	0.1745	0.0473	0.5008	-0.0142	0.0397	0.4867	-0.0649	0.4946	51.5195	66.3043	78.899
9	1.9173	-0.2187	-0.5322	1.8515	0.2165	1.8294	-0.11	-0.0735	-0.0834	0.1206	0.1072	-0.0703	0.275	0.0275	0.0026	0.4314	0.003	-0.0191	0.459	-0.0801	0.3871	38.7974	33.6055	84.2702
10	0.9221	-0.3877	-1.312	2.5521	0.8322	3.2363	-0.4217	0.9396	-0.5434	-0.9595	0.2761	-0.5629	0.2675	-0.0451	0.1149	0.9239	-0.2416	0.2925	0.9665	-0.1304	0.7257	70.0629	45.4911	51.8034
11	3.1505	1.227	1.2746	1.5977	-0.3802	1.3005	0.0674	-0.1254	-0.1539	0.3235	-0.211	-0.175	0.2079	-0.2486	0.1729	0.6003	-0.0544	0.0977	0.5445	0.018	0.4532	70.989	54.9773	74.5406
12	3.865	-0.3427	-0.6688	2.825	0.611	2.9959	-0.4268	1.2781	0.5445	-0.588	0.2266	0.1626	-0.4929	-0.2988	0.2144	0.7112	-0.1144	-0.0793	0.7922	0.1395	0.4766	57.3113	60.8964	58.9544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 140:394)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 395:693)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 694:843)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 7:103)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 104:196)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 197:287)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 8:360)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 361:469)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 470:843)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 7:131)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 132:187)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 188:287)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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