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Yorodumi- PDB-5ds4: Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ds4 | ||||||
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Title | Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to protospacer DNA | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/DNA / CRISPR-Cas Systems / Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats / Integrases / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Enterobacteria phage M13 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity. Authors: Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ds4.cif.gz | 541.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ds4.ent.gz | 444.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ds4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ds5C 5ds6C 4p6iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33322.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q46896, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Protein | Mass: 11684.466 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P45956, Hydrolases; Acting on ester bonds #3: DNA chain | | Mass: 8680.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus) #4: DNA chain | | Mass: 8534.481 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM sodium citrate tribasic pH 5.6, 200 mM sodium acetate and 8% PEG 8000 (w/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→49.003 Å / Num. obs: 35808 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.36 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4P6I Resolution: 3.2→49.003 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→49.003 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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