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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dmp | ||||||
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タイトル | Structure of the Archaeal NHEJ Phosphoesterase from Methanocella paludicola. | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Archaeal Proteins (古細菌) / Biocatalysis (生体触媒) / DNA Repair Enzymes (DNA修復) / Phosphoric Diester Hydrolases / Phosphoric Monoester Hydrolases | ||||||
機能・相同性 | DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / oxido(dioxo)vanadium / LigD_N domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocella paludicola (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.793 Å | ||||||
データ登録者 | Brissett, N.C. / Bartlett, E.J. / Doherty, A.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Molecular basis for DNA strand displacement by NHEJ repair polymerases. 著者: Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Plocinski, P. / Carlberg, T. / Doherty, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dmp.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dmp.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dmp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19062.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanocella paludicola (古細菌) / 遺伝子: MCP_2127 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1Z0H7 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-VN4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM magnesium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.793→49.424 Å / Num. all: 18976 / Num. obs: 18976 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.05 / Net I/av σ(I): 8.17 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 95174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3n9b 解像度: 1.793→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.1838 / FOM work R set: 0.8475 / SU B: 2.571 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1092 / SU Rfree: 0.1057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.83 Å2 / Biso mean: 37.484 Å2 / Biso min: 21.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.793→49.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.793→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
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