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- PDB-5dle: Crystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dle
タイトルCrystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-specific iiabc component (Pts system) from Borrelia burgdorferi
要素Pts system, fructose-specific iiabc component
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / Borellia burgdorferi / Pts system / fructose-specific iiabc component / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, IIA component fructose subfamily / Phosphotransferase system, fructose IIC component / Phosphotransferase system, fructose-specific IIB subunit / Phosphotransferase system, EIIC component, type 2 / PTS_EIIC type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. ...Phosphotransferase system, IIA component fructose subfamily / Phosphotransferase system, fructose IIC component / Phosphotransferase system, fructose-specific IIB subunit / Phosphotransferase system, EIIC component, type 2 / PTS_EIIC type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Phosphotransferase/anion transporter / Response regulator / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Pts system, fructose-specific iiabc component
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-specific iiabc component (Pts system) from Borrelia burgdorferi
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pts system, fructose-specific iiabc component
B: Pts system, fructose-specific iiabc component
C: Pts system, fructose-specific iiabc component
D: Pts system, fructose-specific iiabc component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5979
ポリマ－50,2854
非ポリマー3125
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.950, 91.740, 80.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pts system, fructose-specific iiabc component


分子量: 12571.346 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 161-265 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51369
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen G4: 20% PEG 3350, 200mM K/Na tartrate; BobuA.18902.a.B2.PS02426 at 22.3mg/ml, cryo 15% EG; tray 265189g4, puck nvm2-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 82616 / Num. obs: 80255 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.14 % / Biso Wilson estimate: 16.68 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.31 / Num. measured all: 412988
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.595.130.9260.5112.9129531612057540.56894
1.59-1.630.9470.4253.4929326587656350.47295.9
1.63-1.680.9490.3734.0428996578155580.41496.1
1.68-1.730.9660.2945.0728385565454440.32796.3
1.73-1.790.9750.2396.1527146541452340.26596.7
1.79-1.850.9880.1758.226330525050870.19596.9
1.85-1.920.9950.11611.5425520509349340.12996.9
1.92-20.9960.09314.3624653491047750.10497.3
2-2.090.9960.08117.0523446466745550.0997.6
2.09-2.190.9970.06421.3322356445443570.07197.8
2.19-2.310.9980.05324.3821419427641920.05998
2.31-2.450.9980.04926.1420465404739760.05598.2
2.45-2.620.9980.04229.8919262380037380.04798.4
2.62-2.830.9990.03932.8518003354635030.04398.8
2.83-3.10.9990.03436.816458327132250.03898.6
3.1-3.470.9990.03140.9114689292929040.03499.1
3.47-40.9990.02845.8513180264126100.03198.8
4-4.90.9990.02447.510972218621730.02799.4
4.9-6.930.9990.02445.648621173117120.02698.9
6.93-500.9990.02346.6842309708890.02691.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2r48, treated in MorDa

2r48


解像度: 1.55→38.216 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1857 4041 5.04 %Random selection
Rwork0.1608 76144 --
obs0.1621 80185 97.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.78 Å2 / Biso mean: 24.3631 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→38.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 21 532 3737
Biso mean--57.13 36.12 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1674631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6332141
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56820.23421310.21572452258392
1.5682-1.58740.25311490.2192625277495
1.5874-1.60750.26771330.20542539267295
1.6075-1.62860.22241300.19152564269496
1.6286-1.65090.21891320.1862615274796
1.6509-1.67450.22311490.18212584273396
1.6745-1.69950.22981260.17322579270596
1.6995-1.72610.21361570.19052600275796
1.7261-1.75440.23181320.19672620275297
1.7544-1.78460.1921620.18992543270597
1.7846-1.81710.26331240.18012687281197
1.8171-1.8520.22811400.17422549268997
1.852-1.88980.20011210.16212639276097
1.8898-1.93090.16751200.15842648276897
1.9309-1.97580.17591260.15492629275597
1.9758-2.02520.18071420.16212620276298
2.0252-2.080.21021280.16782640276897
2.08-2.14120.18261560.15712641279798
2.1412-2.21030.16721560.15072639279598
2.2103-2.28930.17271480.15362596274498
2.2893-2.38090.17311350.15222701283698
2.3809-2.48930.16691420.15732653279598
2.4893-2.62050.19251510.15492637278899
2.6205-2.78460.1971340.16392686282099
2.7846-2.99950.19171510.16522659281099
2.9995-3.30120.19481570.16332691284899
3.3012-3.77850.16231440.14462685282999
3.7785-4.75910.15521460.13652715286199
4.7591-38.22740.17761190.16522708282797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03170.1297-0.09160.2693-0.10820.12890.023-0.0062-0.0947-0.16110.03080.27880.1109-0.076100.14360.0093-0.04170.16560.0280.220223.84670.24153.1073
20.0103-0.0298-0.32721.3555-0.76480.74980.0440.03620.0455-0.13030.03580.22650.077-0.03030.01180.11950.0046-0.00830.11820.0110.163827.1453-5.403510.1232
30.26040.0346-0.16940.55760.00290.30160.20250.1250.0996-0.8122-0.1057-0.19350.57640.115-0.00010.30250.08410.03220.16530.00320.196534.3099-2.76420.1652
40.3165-0.41190.87511.4951-1.01991.3317-0.0821-0.06620.1330.1178-0.03550.0143-0.30770.0085-0.11830.15250.03130.00620.12930.02210.140127.63556.05499.4116
50.0837-0.1132-0.0480.3260.07630.0098-0.1131-0.11880.07470.36890.04050.0287-0.09570.01740.00010.23060.0348-0.01840.19520.00270.11749.5659-23.212535.3126
60.6279-0.43210.03070.6646-0.10410.08750.009-0.1027-0.0570.18660.0785-0.00360.08440.16880.00680.13380.0169-0.00550.13960.00550.136941.1296-16.430228.9505
70.6824-0.27350.02120.6492-0.0310.11480.05630.0340.27550.21290.0046-0.2096-0.08440.0230.01350.14080.0206-0.00850.17840.01320.149750.0294-18.252728.6914
80.1386-0.0907-0.17650.42660.02640.244-0.1245-0.18860.08450.31480.0848-0.0865-0.0303-0.01250.00750.21640.0441-0.06440.18990.02370.167553.7848-26.466232.5343
90.03910.0391-0.05580.1192-0.1060.03930.26020.3494-0.1657-0.0475-0.23360.10440.16040.3467-0.03690.16520.1001-0.04230.2792-0.04190.179847.7987-27.474519.3999
100.0932-0.2126-0.07820.1890.1590.15550.0159-0.0495-0.06440.00420.03060.09320.22180.086-0.01220.20690.0353-0.02190.16880.04040.180749.3173-31.757928.8344
110.1425-0.02330.31110.251-0.00850.30080.0347-0.0757-0.18630.1590.07550.21570.1344-0.17330.0860.20090.01070.02530.18970.07460.17739.4821-28.021933.6951
120.1188-0.1723-0.28880.76010.03320.2913-0.017-0.00190.10450.0668-0.049-0.07260.01510.13220.00010.1503-0.0219-0.01520.17130.00320.138743.5521-1.605934.0033
130.05480.1357-0.02890.2870.09920.24710.0516-0.0536-0.14060.0794-0.02-0.12070.140.162700.1278-0.00590.00950.1739-0.00520.160946.7649-6.942528.9719
140.03280.11390.05160.5370.16090.79190.03750.0127-0.10220.3696-0.1402-0.04810.1703-0.0093-0.05640.1921-0.04780.01220.1975-0.02720.149342.1445-4.487737.0695
150.0426-0.00360.02420.026-0.00150.0620.0711-0.5936-0.05630.6804-0.0903-0.24960.1009-0.0802-0.00780.4067-0.0953-0.03320.2632-0.03340.165545.07722.994847.3948
160.1170.0725-0.14350.24120.1420.2167-0.015-0.11160.210.1003-0.14060.0843-0.2733-0.10250.00820.1883-0.0459-0.00190.2049-0.04620.153540.15495.206133.58
170.35730.12170.34190.28010.08680.1659-0.02260.02790.10760.0425-0.0506-0.0234-0.21010.1129-0.05230.2018-0.06090.00290.1418-0.02370.1343.76475.758931.104
180.0910.00310.29560.2921-0.17190.30640.06290.1540.0666-0.2375-0.2789-0.1429-0.49740.0538-0.08780.2245-0.11140.00380.2935-0.04330.210851.23426.973429.9364
190.16490.1319-0.06990.3764-0.04620.023-0.10040.09260.1625-0.2784-0.031-0.0455-0.1044-0.02080.00030.1903-0.0026-0.01360.146-0.00920.110221.0956-23.18273.3347
200.32270.10360.14530.41580.08840.1430.00130.00020.067-0.09010.1367-0.1174-0.0411-0.02430.0050.1129-0.00430.02080.124-0.01270.148729.3357-16.24149.9373
210.7463-0.07510.1730.57650.12510.0940.0289-0.06590.1482-0.1677-0.00440.1412-0.07530.02320.01310.1197-0.0104-0.00190.1304-0.01570.134420.4227-18.328110.0525
220.12530.0762-0.1890.460.00260.297-0.00990.0508-0.0758-0.16940.09080.07150.1052-0.027800.156-0.0111-0.04760.1358-0.01370.186716.911-26.57196.0234
230.07750.213-0.02510.58590.0021-0.03260.3332-0.4747-0.34480.3879-0.3483-0.3829-0.0856-0.40250.00170.1844-0.0494-0.03020.34250.0260.14822.1708-29.113618.8103
240.05710.0025-0.04570.0230.07630.0618-0.07710.0390.05410.0960.1429-0.00250.3490.007200.2068-0.0118-0.01030.1192-0.02310.182716.7073-32.8339.1838
250.06940.05390.02740.08620.03330.06670.02970.1656-0.22830.02790.1135-0.27650.08070.13320.04560.12550.02030.00030.1456-0.05650.193532.6059-25.928610.3497
260.3138-0.11770.47130.3130.0730.47890.0708-0.1403-0.3612-0.21710.0526-0.30950.15710.07190.17150.2113-0.00210.0240.222-0.08390.227429.1358-29.96532.7498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 171 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 172 through 202 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 203 through 218 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 265 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 162 through 171 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 172 through 192 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 193 through 212 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 213 through 226 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 227 through 232 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 233 through 244 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 245 through 265 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 162 through 176 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 177 through 192 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 193 through 212 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 213 through 218 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 219 through 232 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 233 through 251 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 252 through 265 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 162 through 171 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 172 through 192 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 193 through 212 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 213 through 226 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 227 through 232 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 233 through 239 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 240 through 251 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 252 through 265 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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