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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dfy | |||||||||
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タイトル | Structure of the parental state of GAF3 from Slr1393 of Synechocystis sp. PCC6803 (in vitro assembled protein/chromophore) | |||||||||
要素 | Histidine kinase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / cyanobacteriochrome / phycocyanobilin chromophore / photochromicity / bilin-binding GAF domain / photochrome-related protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, X.-L. / Zhao, K.-H. / Gaertner, W. / Hoeppner, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Structural elements regulating the photochromicity in a cyanobacteriochrome 著者: Xu, X.-L. / Hoeppner, A. / Wiebeler, C. / Zhao, K.-H. / Schapiro, I. / Gaertner, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dfy.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dfy.ent.gz | 38 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dfy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/5dfy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24856.637 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 441-597 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 遺伝子: slr1393 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73184, histidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.02 M sodium citrate pH 5.6, 0.1 M sodium chloride, 11 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.00894 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00894 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→44.51 Å / Num. obs: 32428 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.71 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 27.87 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.44 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.629 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.629 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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