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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dbq | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of insect thioredoxin at 1.95 Angstroms | |||||||||
要素 | Thioredoxinチオレドキシン | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thioredoxin (チオレドキシン) / Disulfide bridge (ジスルフィド) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol ether metabolic process / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Anticarsia gemmatalis (蝶・蛾) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Klinke, S. / Tejedor, M.D. / Cerutti, M.L. / Giacometti, R. / Otero, L.H. / Goldbaum, F.A. / Zavala, J.A. / Wolosiuk, R.A. / Pagano, E.A. | |||||||||
資金援助 | アルゼンチン, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of insect thioredoxin at 1.95 Angstroms 著者: Klinke, S. / Tejedor, M.D. / Cerutti, M.L. / Giacometti, R. / Otero, L.H. / Goldbaum, F.A. / Zavala, J.A. / Wolosiuk, R.A. / Pagano, E.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dbq.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dbq.ent.gz | 41.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1xwbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12138.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anticarsia gemmatalis (蝶・蛾) / プラスミド: pET 28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: A0A0Y0BMD0*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Cloning artifact GSH at the N-terminus after Thrombin cleavage. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 % / 解説: Small Prisms |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 27% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日 詳細: Diffractometer: Bruker D8 QUEST, Source: IMUS Copper Microfocus, Detector: PHOTON 100 |
放射 | モノクロメーター: Helios MX multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 14272 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 1XWB 解像度: 1.95→31.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9258 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9094 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.283 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→31.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.11 Å / Total num. of bins used: 7
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