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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d7v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PTK6 kinase domain | ||||||
![]() | Protein-tyrosine kinase 6![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization ...PTK6 Activates STAT3 / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / intestinal epithelial cell differentiation / ERBB2 signaling pathway / negative regulation of growth / PTK6 Expression / tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / PTK6 Down-Regulation / PTK6 Regulates Cell Cycle / positive regulation of cell cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / ruffle / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of DNA replication / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
Model details | TRANSFERASE | ||||||
![]() | Thakur, M.K. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Tyagi, R. / Gosu, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the kinase domain of human protein tyrosine kinase 6 (PTK6) at 2.33 angstrom resolution 著者: Thakur, M.K. / Kumar, A. / Birudukota, S. / Swaminathan, S. / Tyagi, R. / Gosu, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2f4jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 31140.910 Da / 分子数: 4 / 断片: PTK6_KINASE DOMAIN, UNP residues 185-446 / 変異: C433T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q13882, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.23M Diammonium Phosphate, 18% PEG 3350, 1M Lithium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月3日 / 詳細: VariMax HR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 50742 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2F4J 解像度: 2.33→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 9.7 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.01 Å2 / Biso mean: 26.633 Å2 / Biso min: 11.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.33→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.334→2.394 Å / Total num. of bins used: 20
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