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- PDB-5d67: Crystal structure of an EF-Hand calcium binding domain of CAP-Bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d67
タイトルCrystal structure of an EF-Hand calcium binding domain of CAP-Binding Protein Complex-Interacting Protein 1 (EFCAB6) from Homo sapiens at 2.00 A resolution
要素EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology / NHRS
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection / 細胞骨格 / calcium ion binding / 核質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology (NHRS)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an EF-Hand calcium binding domain of CAP-Binding Protein Complex-Interacting Protein 1 (EFCAB6) from Homo sapiens at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Nuclear Receptor Signaling Code Biology
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
B: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
C: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
D: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,55619
ポリマ－47,1154
非ポリマー1,44115
水5,909328
1
A: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1635
ポリマ－11,7791
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1635
ポリマ－11,7791
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9713
ポリマ－11,7791
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2596
ポリマ－11,7791
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.407, 67.187, 70.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
EF-hand calcium-binding domain-containing protein 6 / CAP-binding protein complex-interacting protein 1 / DJ-1-binding protein / DJBP


分子量: 11778.729 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1160-1260 / 変異: D1218G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFCAB6, DJBP, KIAA1672 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q5THR3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 0.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月8日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.118 Å / Num. obs: 26723 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.787 % / Biso Wilson estimate: 26.457 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.59 / Num. measured all: 197737
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2-2.070.4730.8691.313254527444461.064184.3
2.07-2.150.6610.677217955509149770.79697.8
2.15-2.250.8090.5092.821166546554630.591100
2.25-2.370.8790.4113.520970541154020.47899.8
2.37-2.520.9110.3254.520814534453420.377100
2.52-2.710.9540.236.320441525052420.26699.8
2.71-2.990.9770.1549.121171544054270.17999.8
2.99-3.420.9930.08415.720568527852770.097100
3.42-4.30.9980.04526.620585528652870.052100
4.30.9990.03632.220813537853480.04199.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
BUSTER2.10.2精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→27.118 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9373 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE ...詳細: 1. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1330 4.98 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1704 26704 98.32 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.22 Å2 / Biso mean: 35.3461 Å2 / Biso min: 10.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9969 Å20 Å20.4464 Å2
2--0.8019 Å20 Å2
3---2.195 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 75 328 3266
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1438SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes452HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3046HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion397SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3757SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3046HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4126HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 127 4.83 %
Rwork0.2045 2505 -
all0.2056 2632 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66050.09921.34231.6938-0.36852.681-0.02710.1052-0.0658-0.02940.0006-0.040.12290.18650.0265-0.00280.02050.0046-0.0682-0.0046-0.056618.034226.59120.0884
22.9854-0.7637-0.112.475-0.20730.97350.09010.00930.01950.043-0.12150.0547-0.0469-0.10020.03140.0057-0.00760.0144-0.0513-0.0103-0.06365.547814.281536.5491
32.03271.08440.18572.31270.22532.6163-0.1196-0.03560.0846-0.25990.09980.2108-0.0888-0.07210.01980.0159-0.0312-0.0237-0.09090.0145-0.070926.29226.368155.5346
43.399-0.8715-0.73482.14050.68781.258-0.00050.09720.1212-0.09280.0516-0.2516-0.03620.0928-0.0511-0.02-0.0087-0.0081-0.07-0.0015-0.03920.284540.02267.6047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 1092}A0 - 1092
2X-RAY DIFFRACTION2{B|0 - 1091}B0 - 1091
3X-RAY DIFFRACTION3{C|0 - 1091}C0 - 1091
4X-RAY DIFFRACTION4{D|1010 - 1104}D1010 - 1104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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