[日本語] English
万見
- PDB-5d4y: A psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4y
タイトルA psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase
要素xylanaseキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / xylanase (キシラナーゼ) / GH10 / TIM-barrel fold
機能・相同性グリコシダーゼ / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 4beta-beta-xylobiose
機能・相同性情報
生物種environmental samples (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zheng, Y. / Guo, R.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2012AA022209 中国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural insight into potential cold adaptation mechanism through a psychrophilic glycoside hydrolase family 10 endo-beta-1,4-xylanase.
著者: Zheng, Y. / Li, Y. / Liu, W. / Chen, C.C. / Ko, T.P. / He, M. / Xu, Z. / Liu, M. / Luo, H. / Guo, R.T. / Yao, B. / Ma, Y.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: xylanase
B: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0034
ポリマ－82,4392
非ポリマー5642
水2,144119
1
A: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5022
ポリマ－41,2191
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5022
ポリマ－41,2191
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.386, 78.442, 88.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 xylanase / キシラナーゼ


分子量: 41219.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) environmental samples (珪藻)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 代謝代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O3>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8.5, 0.2M Li2SO4, 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 24211 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 43.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Cootデータ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 18.195 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 1181 4.9 %RANDOM
Rwork0.19136 ---
obs0.19584 23011 96.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.82 Å20 Å20.02 Å2
2---7.79 Å20 Å2
3----5.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5145 0 36 119 5300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.947202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9253.00411326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7765620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23824.807285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45815899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7351526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 64 -
Rwork0.372 1564 -
obs--89.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る