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- PDB-5cx8: Structure of RagB, a major immunodominant virulence factor of Por... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cx8
タイトルStructure of RagB, a major immunodominant virulence factor of Porphyromonas gingivalis.
要素Lipoprotein RagB
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Major immunodominant virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-beta-D-glucopyranose / 酢酸塩 / 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose / 6-O-phosphono-D-tagatose / Lipoprotein RagB
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Goulas, T. / Garcia-Ferrer, I. / Hutcherson, J.A. / Potempa, B.A. / Potempa, J. / Scott, D.A. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 米国, スペイン, 8件
組織認可番号国
Grants DAVEUMO-2012/04/A/NZ1/00051 米国
Grants DAVEUMO-2012/05/B/NZ6/00581 米国
Grants DAVEUMO-2013/08/W/NZ1/00696 米国
European UnionFP7-PEOPLE-2011-ITN-290246 スペイン
European UnionFP7-HEALTH-2012-306029-2 スペイン
European UnionBFU2012-32862 スペイン
Spanish Ministry for Education, Culture and SportJCI-2012-13573 スペイン
Spanish Ministry for Education, Culture and SportAP2010-3799 スペイン
引用ジャーナル: Mol Oral Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure of RagB, a major immunodominant outer-membrane surface receptor antigen of Porphyromonas gingivalis.
著者: Goulas, T. / Garcia-Ferrer, I. / Hutcherson, J.A. / Potempa, B.A. / Potempa, J. / Scott, D.A. / Xavier Gomis-Ruth, F.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein RagB
B: Lipoprotein RagB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,25110
ポリマ－109,2182
非ポリマー1,0338
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area37040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.640, 184.740, 144.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipoprotein RagB


分子量: 54609.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-501 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: ragB, PG_0186 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F5H948

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糖 , 2種, 2分子

#2: 糖 ChemComp-3DO / 3-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3-デオキシ-β-D-ribo-ヘキソピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
DGlcp[3H]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
3-deoxy-b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-3-deoxy-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#6: 糖 ChemComp-RP3 / 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 214.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O7P
識別子タイププログラム
b-D-3-deoxy-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 515分子

#3: 化合物 ChemComp-TG6 / 6-O-phosphono-D-tagatose / D-タガト-ス6-りん酸


分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid 200mM calcium acetate, 20% [w/v] polyethylene glycol 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.3 Å / Num. obs: 60274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 48.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2.10.2データ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9288 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9184 / SU R Cruickshank DPI: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 881 1.46 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.178 60258 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8211 Å20 Å20 Å2
2--8.2859 Å20 Å2
3----18.1069 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7528 0 66 509 8103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017773HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0310549HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3572SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes224HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1118HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7773HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion991SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9178SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 66 1.48 %
Rwork0.2191 4381 -
all0.2196 4447 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44590.0936-0.1820.6386-0.08690.378-0.04650.0233-0.0902-0.07470.0216-0.06880.0203-0.00280.0249-0.1922-0.0057-0.0111-0.0821-0.01140.056836.73122.478271.5917
21.1513-0.66070.31053.4109-0.1891.2536-0.1986-0.3752-0.13081.30190.2142-0.0346-0.1302-0.0235-0.01560.41040.0833-0.04010.09510.0394-0.086629.063837.754115.6
30.0515-0.26330.2800.801800.00010.01950.0005-0.04130.0015-0.01930.04620.0049-0.0016-0.09260.0967-0.17490.132-0.060.074634.565119.155552.2283
40.4131-0.06560.81240-0.24420.2124-0.00960.0255-0.0050.0038-0.00450.0209-0.00670.06380.0142-0.05170.0965-0.04790.1614-0.0467-0.093128.828325.294293.3358
50-0.0078-0.077500.04840-0.00040.0062-0.00530.01530.00180.00310.0088-0.0006-0.00140.05450.05570.0431-0.0578-0.10910.051219.254129.112590.1187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|30 - 501}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|30 - 501}
3X-RAY DIFFRACTION3{L|3 - 3}
4X-RAY DIFFRACTION4{L|1 - 1}
5X-RAY DIFFRACTION5{L|2 - 2}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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