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- PDB-5cx3: Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cx3
タイトルCrystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A
要素
  • FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / autophagy adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / response to iron(II) ion / positive regulation of autophagosome maturation / オートファゴソーム / オートファジー / Receptor Mediated Mitophagy ...plus-end-directed vesicle transport along microtubule / cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / response to iron(II) ion / positive regulation of autophagosome maturation / オートファゴソーム / オートファジー / Receptor Mediated Mitophagy / p38MAPK cascade / autophagosome maturation / autophagosome membrane / organelle membrane / autophagosome assembly / オートファゴソーム / JNK cascade / cellular response to copper ion / cellular response to amino acid starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to starvation / オートファジー / response to lead ion / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / microtubule binding / 微小管 / リソソーム / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / ゴルジ体 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / FYVE zinc finger ...: / : / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheng, X. / Pan, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470749 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2013CB836900 中国
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2016
タイトル: Structural basis of FYCO1 and MAP1LC3A interaction reveals a novel binding mode for Atg8-family proteins.
著者: Cheng, X. / Wang, Y. / Gong, Y. / Li, F. / Guo, Y. / Hu, S. / Liu, J. / Pan, L.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
C: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
D: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
E: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
F: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
G: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
H: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,86510
ポリマ－70,6808
非ポリマー1842
水1,71195
1
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
C: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
E: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
G: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4325
ポリマ－35,3404
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
2
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
D: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
F: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
H: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4325
ポリマ－35,3404
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.426, 115.257, 73.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 14293.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H492
#2: タンパク質・ペプチド
FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / Zinc finger FYVE domain-containing protein 7


分子量: 3376.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYCO1, ZFYVE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQS8
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium
PH範囲: 6.9-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 25680 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 16.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化解像度: 2.3→34.615 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1235 5.14 %
Rwork0.1776 --
obs0.1811 24033 93.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4551 0 12 95 4658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1616353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3471841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39210.3257950.22521741X-RAY DIFFRACTION64
2.3921-2.5010.30961100.23082338X-RAY DIFFRACTION87
2.501-2.63280.2721510.21472623X-RAY DIFFRACTION98
2.6328-2.79760.32231530.22482649X-RAY DIFFRACTION99
2.7976-3.01350.29971440.20662676X-RAY DIFFRACTION99
3.0135-3.31660.30041490.19672676X-RAY DIFFRACTION99
3.3166-3.7960.23671480.16882688X-RAY DIFFRACTION100
3.796-4.78050.18331420.13512679X-RAY DIFFRACTION99
4.7805-34.61860.19141430.1522728X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.32784.5936-4.27164.307-2.75635.6709-0.30120.06960.0572-0.32820.1437-0.0410.53150.65910.17340.39530.0423-0.0040.4293-0.01950.232520.6115-30.192662.5532
25.62021.00691.28083.98991.17113.17440.07750.01390.01590.3019-0.0109-0.0844-0.15630.0356-0.07980.22320.02680.03190.23070.04440.170422.3536-23.09578.0553
35.3337-4.0608-5.61413.26633.41858.9745-0.45080.1789-0.27980.18920.19760.16910.6101-0.22190.22250.41010.03150.02770.50160.08040.305331.9632-29.022150.6025
42.4448-2.0825-0.0373.8457-0.38363.62460.08080.1254-0.3478-0.3105-0.07620.19330.098-0.1584-0.07170.2503-0.0448-0.02180.3685-0.03630.222330.594-23.264835.5804
52.44714.05690.88957.67533.20655.4829-0.15460.2647-0.1668-0.45550.02310.8258-0.3915-0.49460.04580.27920.018-0.07890.4319-0.0270.323728.1089-14.997133.0781
64.7939-1.367-0.97616.4714-1.43934.6008-0.0742-0.39520.076-0.01220.1233-0.1393-0.4980.32180.00830.2492-0.01790.04020.3213-0.11060.17830.8681-16.067141.6181
71.26651.17081.36176.3575-1.87384.14660.5199-0.06430.0919-0.2143-0.1670.48610.1925-0.3508-0.35410.32970.0110.070.3346-0.03180.436421.076211.361569.7107
81.72720.8895-1.23048.585-0.29857.31320.0572-0.0464-0.01661.1103-0.17980.1866-0.1863-0.07840.11460.46540.00430.00590.23440.06020.557626.88784.374282.5066
93.0434-0.5935-2.26432.06662.50175.9803-0.1235-0.05890.35730.62910.00350.36420.38130.40910.03490.6386-0.03610.18180.2630.00260.439326.4303-4.212484.4869
102.79131.40310.02384.2042-4.32745.2676-0.12970.20860.08630.0644-0.0173-0.10060.1730.24110.01880.4132-0.00450.09030.2559-0.03770.465326.081-2.269176.0038
114.1413-6.2307-4.57339.49946.94925.09070.1086-0.3060.9709-0.92470.4104-2.2625-0.26131.167-0.51610.47610.03560.20660.5579-0.07930.757138.166910.727348.547
123.99543.99524.12157.92780.99488.5652-0.627-1.30180.6344-0.1206-0.16510.0175-0.5067-0.17410.71960.49230.0720.00750.5013-0.0290.362126.212713.570455.964
132.4715-1.6549-2.66887.46883.59447.39520.36840.32010.1771-1.3503-0.0435-0.2616-1.3809-0.4029-0.24020.69580.07410.01130.32840.00950.416926.71388.841840.3135
143.60763.7421-2.2215.45030.34916.31710.68670.47760.3526-2.0415-0.66421.0198-0.1081-0.6475-0.1191.230.4278-0.12310.5314-0.11390.596320.68777.619333.6048
152.94350.4966-0.562.3537-2.45478.47570.30350.29970.164-0.5306-0.3625-0.0058-0.2214-0.53650.32690.70050.21520.0310.3745-0.08550.438625.64580.615434.693
163.86553.42424.11539.46355.04034.69020.1915-0.8686-0.91280.394-1.16090.98120.8292-1.50071.08240.5850.08530.18920.6423-0.02580.531419.40240.070249.1503
173.1793-0.8914-1.6475.57616.20357.70090.033-0.0525-0.0353-0.31590.178-0.0159-0.19480.0785-0.26590.50090.05710.09110.27940.06670.335929.54390.55740.7541
182.1629-0.9464-1.13833.15041.54667.04410.14390.7417-0.46970.2594-0.1639-0.99540.53620.538-0.01820.35330.1313-0.02910.5330.03120.561324.0162-35.500974.2536
194.6944-1.64793.26114.8781-2.85942.94920.3737-2.20061.08082.023-1.32760.002-0.605-0.75520.80530.699-0.20030.12940.9383-0.11180.461112.9323-33.242389.7296
204.94435.0869-5.25835.4839-5.55595.6949-0.36370.5001-0.7169-0.7775-0.00880.87951.1399-0.41860.53840.41470.0050.06080.387-0.04030.535431.6671-32.415838.5197
212.89240.179-1.71573.6777-3.31043.8347-1.10881.0953-1.4806-0.44370.0272-0.41340.94120.2550.90790.55080.00710.04010.5522-0.09510.494538.2773-26.816524.6023
229.83166.9758-6.35.2661-4.31574.11041.3568-0.92880.59572.4953-1.11340.6003-0.18620.5166-0.11590.6347-0.14410.02410.5404-0.07050.377743.3434-13.93518.6926
237.3531-6.8146.99686.3409-6.50086.6674-0.2786-1.37890.78861.25610.2944-0.4625-0.4029-0.94640.2270.47520.0155-0.10570.4743-0.01980.527726.355114.441380.0789
248.8357-4.26163.03194.2421-3.61533.2153-0.6931-0.13410.13230.8222-0.6716-1.1348-0.19010.04941.7350.7761-0.042-0.08730.75270.1240.709839.28886.674890.456
259.65794.4548-0.63463.80290.83510.9458-0.3361-0.9575-0.6203-1.16820.1581-0.10530.6022-0.05380.00511.76840.5986-0.1971.03230.31851.126224.592817.516643.2194
264.12072.66493.92092.59351.91524.16020.8613-0.3827-0.8909-0.36230.13810.2708-1.0651-0.7099-0.90071.04930.2452-0.04891.158-0.00040.848112.893713.68632.79
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 121 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 27 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 71 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 121 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 3 through 26 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 27 through 71 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 72 through 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 95 through 121 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 5 through 12 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 13 through 26 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 27 through 59 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 60 through 70 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 71 through 94 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 95 through 102 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 103 through 121 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1273 through 1284 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1285 through 1292 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1276 through 1284 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1285 through 1292 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1293 through 1300 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 1276 through 1284 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 1285 through 1294 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 1277 through 1284 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 1285 through 1292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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