+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cm8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural Basis for the Selectivity of Guanine Nucleotide Exchange Factors for the small G-protein Ral | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Complex G-protein Exchange Factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 R3/R4 cell fate commitment / regulation of Ral protein signal transduction / border follicle cell migration / negative regulation of JNK cascade / regulation of cell morphogenesis / Flemming body / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of stem cell proliferation ...R3/R4 cell fate commitment / regulation of Ral protein signal transduction / border follicle cell migration / negative regulation of JNK cascade / regulation of cell morphogenesis / Flemming body / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of stem cell proliferation / 分裂溝 / negative regulation of innate immune response / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / PDZ domain binding / receptor internalization / GDP binding / defense response to Gram-negative bacterium / Ras protein signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 自然免疫系 / GTPase activity / GTP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Popovic, M. / Schouten, A. / Rehmann, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016 タイトル: The structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Rlf in complex with the small G-protein Ral identifies conformational intermediates of the exchange reaction and the basis for the selectivity. 著者: Popovic, M. / Schouten, A. / Rensen-de Leeuw, M. / Rehmann, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cm8.cif.gz | 129 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5cm8.ent.gz | 97.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52113.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-514 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rgl2, Rab2l, Rlf / プラスミド: pGEX6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600 / 参照: UniProt: Q61193 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 23117.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Rala, CG2849 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600 / 参照: UniProt: P48555 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.45 詳細: 15% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 71227 / Num. obs: 23162 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JGW as poly Ala model 解像度: 2.6→44.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 15.198 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.792 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.994 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→44.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|