+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ccz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-amine | ||||||
![]() | Malate synthase G | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell extracellular matrix binding / capsule / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, H.-L. / Sacchettini, J.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium tuberculosis Malate Synthase Structures with Fragments Reveal a Portal for Substrate/Product Exchange. 著者: Huang, H.L. / Krieger, I.V. / Parai, M.K. / Gawandi, V.B. / Sacchettini, J.C. #1: ![]() タイトル: Biochemical and structural studies of malate synthase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Smith, C.V. / Huang, C.C. / Miczak, A. / Russell, D.G. / Sacchettini, J.C. / Honer zu Bentrup, K. #2: ![]() タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase. 著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Gawandi, V.B. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 124.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5c7vC ![]() 5c9rC ![]() 5c9uC ![]() 5c9wC ![]() 5c9xC ![]() 5cahC ![]() 5cakC ![]() 5cbbC ![]() 5cbiC ![]() 5cbjC ![]() 5cewC ![]() 5cjmC ![]() 5cjnC ![]() 5drcC ![]() 5driC ![]() 5dx7C ![]() 5e9xC ![]() 5ecvC ![]() 5h8mC ![]() 5h8pC ![]() 5h8uC ![]() 5t8gC ![]() 1n8iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 変異: C619A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: glcB, Rv1837c, MTCY1A11.06 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-50C / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, tris / PH範囲: 7.0-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.14→35.88 Å / Num. all: 43590 / Num. obs: 42598 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 15.9 % / Rsym value: 0.0276 / Net I/σ(I): 30.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.25 Å / 冗長度: 11.6 % / % possible all: 96.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1N8I 解像度: 2.136→35.883 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.87 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.136→35.883 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|