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万見
- PDB-5c9e: SepL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9e
タイトルSepL
要素SepL
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / secretion system component (分泌)
機能・相同性Type III secretion system effector delivery regulator TyeA-related / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / outer membrane / : / 分泌 / 臭化物 / SepL
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Burkinshaw, B.J. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of SepL, an enteropathogenic Escherichia coli type III secretion system gatekeeper protein
著者: Burkinshaw, B.J. / Souza, S.A. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SepL
B: SepL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3316
ポリマ－65,0112
非ポリマー3204
水1629
1
A: SepL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6653
ポリマ－32,5061
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SepL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6653
ポリマ－32,5061
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.320, 84.320, 238.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 SepL


分子量: 32505.549 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: sepL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52149
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M SPG buffer pH 6, 25% PEG 1500, 3M NaCl additive

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.92023 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→84.32 Å / Num. obs: 14926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 81.53 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 275631 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
3.21-3.4319.20.8184.75020126210.960.191
9.08-84.3215.30.02977.71213479410.007

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.5データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.21→79.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9274 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.439
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 748 5.03 %RANDOM
Rwork0.2105 ---
obs0.2127 14857 99.97 %-
原子変位パラメータBiso max: 191.38 Å2 / Biso mean: 97.91 Å2 / Biso min: 28.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9192 Å20 Å20 Å2
2--6.9192 Å20 Å2
3----13.8383 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.815 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→79.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4270 0 4 9 4283
Biso mean--132.23 44.87 -
残基数----526
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1601SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes586HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion578SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5311SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4338HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5843HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.37
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.47 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3466 143 4.81 %
Rwork0.2455 2829 -
all0.2501 2972 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25890.72540.26753.46531.29314.4976-0.1782-0.00230.0866-0.01330.3209-0.25040.3130.5376-0.1427-0.29750.0806-0.065-0.02050.0788-0.160643.181868.016791.4009
22.05680.91850.20572.5994-0.71114.1204-0.13050.0125-0.19420.19780.12160.1098-0.2935-0.23740.009-0.15160.03610.1201-0.1410.0311-0.230217.911359.286695.8771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|80 - A|350 }A80 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|80 - B|348 }B80 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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