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- PDB-5e0q: Crystal structure of the Nup98 C-terminal domain bound to nanobod... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e0q | ||||||
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Title | Crystal structure of the Nup98 C-terminal domain bound to nanobody TP377 | ||||||
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Function / homology | ![]() structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pleiner, T. / Trakhanov, S. / Goerlich, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Nanobodies: site-specific labeling for super-resolution imaging, rapid epitope-mapping and native protein complex isolation. Authors: Pleiner, T. / Bates, M. / Trakhanov, S. / Lee, C.T. / Schliep, J.E. / Chug, H. / Bohning, M. / Stark, H. / Urlaub, H. / Gorlich, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 174.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 140.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4krnS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 13853.317 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | ![]() Mass: 17316.389 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C821S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-terminal domain, residues 715-866 Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: nup98 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.96 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 45 % (w/v) Pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), 100 mM Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→47.01 Å / Num. obs: 30053 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 27.44 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.906 / Net I/σ(I): 27.72 / Num. measured all: 823111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4KRN Resolution: 1.9→47 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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