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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c6b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F variant SC-TM | ||||||
要素 | Fusion glycoprotein F0,Fibritin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / class I viral fusion protein / fusion / respiratory syncytial virus (RSウイルス) / prefusion | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | McLellan, J.S. / Langedijk, J.P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: A highly stable prefusion RSV F vaccine derived from structural analysis of the fusion mechanism. 著者: Krarup, A. / Truan, D. / Furmanova-Hollenstein, P. / Bogaert, L. / Bouchier, P. / Bisschop, I.J. / Widjojoatmodjo, M.N. / Zahn, R. / Schuitemaker, H. / McLellan, J.S. / Langedijk, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c6b.cif.gz | 201 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c6b.ent.gz | 157 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54712.277 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain 変異: N67I, S215P, E487Q, I379V, M447V,N67I, S215P, E487Q, I379V, M447V 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage Ox2 (ファージ) 株: A2 / 遺伝子: wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: Q38650 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NHE / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.34M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792368 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792368 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44.95 Å / Num. all: 32205 / Num. obs: 32205 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 1.327 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MMS 解像度: 2.4→44.95 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.28 Å2 / Biso mean: 56.316 Å2 / Biso min: 19.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→44.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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