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- PDB-5c5h: R195K E. coli MenE with bound OSB-AMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5h
タイトルR195K E. coli MenE with bound OSB-AMS
要素2-succinylbenzoate--CoA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / menaquinone biosynthetic process / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
2-succinylbenzoate--CoA ligase / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4YB / 2-succinylbenzoate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Matarlo, J.S. / Shek, R. / Rajashankar, K.R. / Tonge, P.J. / French, J.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102864 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Mechanism of MenE Inhibition by Acyl-Adenylate Analogues and Discovery of Novel Antibacterial Agents.
著者: Matarlo, J.S. / Evans, C.E. / Sharma, I. / Lavaud, L.J. / Ngo, S.C. / Shek, R. / Rajashankar, K.R. / French, J.B. / Tan, D.S. / Tonge, P.J.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0417
ポリマ－100,8672
非ポリマー1,1745
水4,017223
1
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0083
ポリマ－50,4341
非ポリマー5752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0334
ポリマ－50,4341
非ポリマー5993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.060, 126.060, 111.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21B-660-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-succinylbenzoate--CoA ligase / o-succinylbenzoyl-CoA synthetase / OSB-CoA synthetase


分子量: 50433.664 Da / 分子数: 2 / 変異: R195K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: menE, b2260, JW2255 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37353, O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-4YB / 5'-O-{[4-(2-carboxyphenyl)-4-oxobutanoyl]sulfamoyl}adenosine


分子量: 550.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N6O10S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18-22% Peg 4,000 0.2 M MgCl2 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IPL and 1T5D

3ipl

1t5d


解像度: 2.401→41.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 7.965 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24717 2015 5 %RANDOM
Rwork0.20019 ---
obs0.2026 38130 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.08 Å20 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→41.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 79 224 7157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.969740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7453.00315405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63123.7300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.576151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4621547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5373.923561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5373.9193560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.585.8674440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5795.8684441
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4453.9893564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4453.9893565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4735.9245299
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.32330.2777814
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.32330.2767815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 135 -
Rwork0.267 2700 -
obs--96.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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