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Yorodumi- PDB-5c50: Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c50 | ||||||
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Title | Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / complex / autophagy / HORMA domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.63 Å | ||||||
Authors | Qi, S. / Hurley, J.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2015 Title: Structure of the Human Atg13-Atg101 HORMA Heterodimer: an Interaction Hub within the ULK1 Complex. Authors: Qi, S. / Kim, D.J. / Stjepanovic, G. / Hurley, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c50.cif.gz | 239.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c50.ent.gz | 199.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c50.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c50 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22890.082 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-198 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ATG101, C12orf44, PP894 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q9BSB4 | ||
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#2: Protein | Mass: 21566.047 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 12-200 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GAMGS is from vector / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ATG13, KIAA0652 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: O75143 | ||
#3: Chemical | ChemComp-BEN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 19% PEG 3350, 0.5 M benzamidine, and 0.2 M lithium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.07207 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double flat crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07207 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.3 % / Number: 263036 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 0.92 / D res high: 1.63 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.63→50 Å / Num. obs: 49908 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 24.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.919 / Net I/av σ(I): 12.891 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 263036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 100
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.63→46.653 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 208.61 Å2 / Biso mean: 46.8279 Å2 / Biso min: 14.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.63→46.653 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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