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- PDB-5c01: Crystal Structure of kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c01
タイトルCrystal Structure of kinase
要素NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / pseudokinase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / extrinsic component of plasma membrane / positive regulation of natural killer cell proliferation / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 免疫応答 / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Min, X. / Wang, Z. / Walker, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of the JH2 Pseudokinase Domain of JAK Family Tyrosine Kinase 2 (TYK2).
著者: Min, X. / Ungureanu, D. / Maxwell, S. / Hammaren, H. / Thibault, S. / Hillert, E.K. / Ayres, M. / Greenfield, B. / Eksterowicz, J. / Gabel, C. / Walker, N. / Silvennoinen, O. / Wang, Z.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
B: NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2298
ポリマ－76,9512
非ポリマー2786
水4,414245
1
A: NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6925
ポリマ－38,4761
非ポリマー2164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5383
ポリマ－38,4761
非ポリマー622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.340, 48.170, 114.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NON-RECEPTOR TYROSINE-PROTEIN KINASE TYK2


分子量: 38475.527 Da / 分子数: 2 / 断片: pseudokinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFASTBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18-22% PEG 4000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 200 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月26日 / 詳細: CCD ARRAY
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97741
211
反射解像度: 2.15→44.373 Å / Num. all: 33558 / Num. obs: 33558 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 6.311 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 119960
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.273.20.4111.81563148120.2640.4112.898.8
2.27-2.43.60.3082.51632745880.1880.3083.999.4
2.4-2.573.60.2233.41541343220.1360.2235.199.7
2.57-2.783.60.1674.51464140310.1020.1676.599.7
2.78-3.043.70.1265.81384237360.0760.1268.699.9
3.04-3.43.80.0868.31275833870.0510.08612.199.9
3.4-3.933.70.0649.81119830070.0380.06415.5100
3.93-4.813.70.06210.3927425400.0380.0621899.8
4.81-6.83.40.0688.4679920040.0430.06815.9100
6.8-49.3363.60.04311.9407711310.0260.04318.599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.1892 / FOM work R set: 0.8354 / SU B: 5.829 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.2396 / SU Rfree: 0.1967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 1711 5.1 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1969 31792 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.09 Å2 / Biso mean: 29.199 Å2 / Biso min: 10.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å2-0 Å2-0.32 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4112 0 78 245 4435
Biso mean--26.4 32.17 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9825812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9533.0019383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9765512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25222.577194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84215716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8351542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5132.7712066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5132.7692065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6274.142572
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 134 -
Rwork0.279 2270 -
all-2404 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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