[日本語] English
万見
- PDB-5bvi: X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 IAD Domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvi
タイトルX-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 IAD Domain
要素Interferon regulatory factor 4Interferon regulatory factors
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Interferon Regulatory Factors / Transcription activation/Protein-DNA interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome => GO:0000786 / : / : / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production ...nucleosome => GO:0000786 / : / : / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of DNA binding / positive regulation of interleukin-2 production / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 4 / Interferon regulatory factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Escalate, C.R. / Remesh, S.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM092854 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R21-CA179008 米国
Virginia Commonwealth UniversityVCU-PRQF AWARD 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Studies of IRF4 Reveal a Flexible Autoinhibitory Region and a Compact Linker Domain.
著者: Remesh, S.G. / Santosh, V. / Escalante, C.R.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 4
B: Interferon regulatory factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0696
ポリマ－42,9272
非ポリマー1424
水2,072115
1
A: Interferon regulatory factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5704
ポリマ－21,4631
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interferon regulatory factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4992
ポリマ－21,4631
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.533, 84.854, 149.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
詳細Monomer confirmed by analytical ultracentrifugation

-
要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 4 / Interferon regulatory factors / Interferon regulatory factor 4 / isoform CRA_b


分子量: 21463.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Irf4, mCG_4922 / プラスミド: pet15TEV_NESG / 詳細 (発現宿主): EvNO00338203 (pet15b with TEV site) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS star / 参照: UniProt: Q5SUZ4, UniProt: Q64287*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5-1.7M KCl, 0.1M Imidazole pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 23107 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DSH

3dsh


解像度: 2.6→32.337 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1531 8.94 %
Rwork0.1937 --
obs0.1991 17124 92.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 0 4 115 3027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1454048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5921106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.68390.32561360.2391394X-RAY DIFFRACTION92
2.6839-2.77980.31751380.2331402X-RAY DIFFRACTION94
2.7798-2.8910.3231370.22571399X-RAY DIFFRACTION93
2.891-3.02250.31441410.22061433X-RAY DIFFRACTION93
3.0225-3.18170.29591380.21971398X-RAY DIFFRACTION93
3.1817-3.38080.27381380.20571400X-RAY DIFFRACTION92
3.3808-3.64160.23381380.17751417X-RAY DIFFRACTION93
3.6416-4.00740.25041410.17591428X-RAY DIFFRACTION93
4.0074-4.58590.19371390.1581429X-RAY DIFFRACTION92
4.5859-5.77240.21621410.17111432X-RAY DIFFRACTION91
5.7724-32.33910.23771440.20021461X-RAY DIFFRACTION88

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る