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- PDB-5bv1: Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bv1
タイトルCrystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum
要素
  • Putative vacuolar protein sorting-associated protein液胞
  • VPS33
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Membrane trafficking / SM protein / HOPS complex / thermophile (好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole organization / ligase activity / 細胞内膜系 / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 ...Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Probable vacuolar protein sorting-associated protein 16 homolog / Small conjugating protein ligase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071574 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: A direct role for the Sec1/Munc18-family protein Vps33 as a template for SNARE assembly.
著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Zick, M. / Phillips, B.P. / Wickner, W.T. / Hughson, F.M.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16*
著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VPS33
B: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
C: VPS33
D: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,0736
ポリマ－223,8054
非ポリマー2682
水0
1
A: VPS33
B: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0363
ポリマ－111,9022
非ポリマー1341
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area40630 Å2
手法PISA
2
C: VPS33
D: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0363
ポリマ－111,9022
非ポリマー1341
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area40910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.280, 159.902, 97.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUchain AAA5 - 6577 - 659
21GLUGLUchain CCC5 - 6577 - 659
12GLYGLYchain BBB532 - 82831 - 327
22GLYGLYchain DDD532 - 82831 - 327

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 VPS33


分子量: 73990.117 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 139-806 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SCM5
#2: タンパク質 Putative vacuolar protein sorting-associated protein / 液胞


分子量: 37912.211 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 503-816 / Mutation: L672V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0026760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S6M7
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸 / リンゴ酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
配列の詳細Authors have indicated that the sequence for the UNProt entries G0S6M7_CHATD and G0SCM5_CHATD are not correct

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.902→159.902 Å / Num. obs: 53085 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 65.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 300496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.902-2.9125.80.8072.1318755098
13.469-159.9025.30.024292354997.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
CBASSデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMO

4kmo


解像度: 2.902→61.592 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2759 2699 5.09 %Random selection 5%
Rwork0.2115 50335 --
obs0.2148 53034 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.73 Å2 / Biso mean: 66.5912 Å2 / Biso min: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.902→61.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14241 0 18 0 14259
Biso mean--78.03 --
残基数----1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05619538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3085480
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5687X-RAY DIFFRACTION7.817TORSIONAL
12C5687X-RAY DIFFRACTION7.817TORSIONAL
21B2835X-RAY DIFFRACTION7.817TORSIONAL
22D2835X-RAY DIFFRACTION7.817TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9023-2.95510.37671260.29422677280399
2.9551-3.01190.34961440.27592604274899
3.0119-3.07340.32771200.27042684280499
3.0734-3.14020.3891390.26342637277699
3.1402-3.21330.32541230.26192648277199
3.2133-3.29360.30421490.25812635278499
3.2936-3.38270.31711420.25512643278599
3.3827-3.48220.33141460.2552637278399
3.4822-3.59460.28351510.24362636278799
3.5946-3.7230.35631490.23652640278999
3.723-3.87210.31191300.23412631276199
3.8721-4.04830.32891440.21492672281699
4.0483-4.26160.24271110.20482660277199
4.2616-4.52860.24451800.18682593277399
4.5286-4.87810.23491630.18122645280899
4.8781-5.36870.26991350.19422664279999
5.3687-6.1450.26151660.19442656282299
6.145-7.73960.23491360.18852681281799
7.7396-61.60620.20971450.16012692283798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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