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- PDB-5bpt: Atomic-resolution structures of the APC/C subunits Apc4 and the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpt
タイトルAtomic-resolution structures of the APC/C subunits Apc4 and the Apc5 N-terminal domain
要素MGC81278 protein
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Apc4 / APC/C (後期促進複合体) / anaphase promoting complex (後期促進複合体)
機能・相同性
機能・相同性情報


後期促進複合体 / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / 細胞周期 / 細胞分裂
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cronin, N. / Yang, J. / Zhang, Z. / Barford, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Atomic-Resolution Structures of the APC/C Subunits Apc4 and the Apc5 N-Terminal Domain.
著者: Cronin, N.B. / Yang, J. / Zhang, Z. / Kulkarni, K. / Chang, L. / Yamano, H. / Barford, D.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGC81278 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4151
ポリマ－85,4151
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.469, 90.469, 115.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 MGC81278 protein / Apc4


分子量: 85415.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: anapc4, MGC81278 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6NU36

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Apc4 was concentrated to 3.5 mg/ml in a buffer of 20 mM Hepes (pH 8.0), 200 mM NaCl and 2 mM DTT. Initial crystal was obtained by vapour diffusion in setting drop in a buffer containing 0.1 M ...詳細: Apc4 was concentrated to 3.5 mg/ml in a buffer of 20 mM Hepes (pH 8.0), 200 mM NaCl and 2 mM DTT. Initial crystal was obtained by vapour diffusion in setting drop in a buffer containing 0.1 M sodium citrate 5.0, 8% (w/v) PEG 8K. By seeding with the initial crystals, large crystals were grown in a buffer containing 0.1 M sodium citrate 5.0, 3% (w/v) PEG 8K, 250 mM magnesium acetate, 10 mM Tris.HCl (pH 8.5), 200 mM NDSB-211, 4% (v/v) ethylene glycol and 2 mM DTT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.3 Å / Num. all: 15477 / Num. obs: 15477 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 107.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.47 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9131 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8692 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.451
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 1016 6.59 %RANDOM
Rwork0.2227 ---
obs0.2254 15414 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 266.66 Å2 / Biso mean: 107.87 Å2 / Biso min: 49.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4769 Å20 Å20 Å2
2--4.4769 Å20 Å2
3----8.9538 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.83 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 0 0 4786
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1707SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4871HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion656SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5378SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4871HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6601HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.85
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 162 5.85 %
Rwork0.2527 2605 -
all0.2533 2767 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66590.07480.37422.2608-0.19041.1056-0.052-0.345-0.57980.5559-0.00390.42320.007-0.01610.0559-0.10420.03280.3073-0.1336-0.05660.006718.09721.667510.0612
21.85670.4016-0.39320.87790.37932.5770.0106-0.6093-0.26140.3945-0.33110.1285-0.1455-0.22150.32050.14030.11220.16180.13490.0233-0.235338.424326.9234.2636
32.75630.72260.52982.6629-0.70542.3639-0.20310.6031-0.4719-0.03930.10330.84460.3584-0.15010.0998-0.2895-0.0330.1971-0.1357-0.3270.13378.774121.8539-11.2702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|231}A2 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|232 - A|530}A232 - 530
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|531 - A|740}A531 - 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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