+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bor | ||||||
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Title | Structure of Acetobacter aceti PurE-S57C, sulfonate form | ||||||
Components | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti 1023 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Sullivan, K.L. / Kappock, T.J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Mutation of the conserved serine in two PurE classes Authors: Sullivan, K.L. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bor.cif.gz | 141.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bor.ent.gz | 111.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bor.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bor | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4z7jC 4zc8C 5bosC 4ycbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 18946.773 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S57C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti 1023 (bacteria) / Gene: purE, AZ09_02690 / Plasmid: pET23a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
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-Non-polymers , 5 types, 268 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2012 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9996→50 Å / Num. obs: 28501 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 34.04 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 3.875 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4ycb chain A Resolution: 2→35.714 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→35.714 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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