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- PDB-5b2o: Crystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2o
タイトルCrystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TGG PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
  • Guide RNA
  • Target DNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 (Cas9) / genome engineering (ゲノム編集) / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR system subtype II-B RNA-guided endonuclease Cas9/Csx12 / : / CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9
著者: Hirano, H. / Gootenberg, J.S. / Horii, T. / Abudayyeh, O.O. / Kimura, M. / Hsu, P.D. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Hatada, I. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source ...diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: Guide RNA
C: Target DNA
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,51053
ポリマ－233,0554
非ポリマー2,45549
水18,5731031
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32480 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area77420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.922, 159.105, 96.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA


分子量: 8993.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 2786.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 190995.422 Da / 分子数: 1 / 変異: N995A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: cas9, FTN_0757 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2
参照: UniProt: A0Q5Y3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 Guide RNA /


分子量: 30278.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 1080分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 9-11% PEG 3350, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.28 Å / Num. obs: 249301 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 14.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10_2155: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.278 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 12436 4.99 %
Rwork0.1844 --
obs0.1856 249252 96.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.69 Å2 / Biso mean: 47.6372 Å2 / Biso min: 15.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11677 2771 124 1031 15603
Biso mean--46.7 40.63 -
残基数----1588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14421120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0098849
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.34624270.33117874830196
1.7193-1.73960.32254200.3137886830696
1.7396-1.76080.32844030.30137857826096
1.7608-1.78310.31093980.29287844824296
1.7831-1.80650.29214090.287786819595
1.8065-1.83130.29653830.26947356773990
1.8313-1.85740.2624040.25037737814195
1.8574-1.88520.27844180.24137934835297
1.8852-1.91460.24884110.22887939835097
1.9146-1.9460.24184260.21577940836697
1.946-1.97960.2314190.20947925834497
1.9796-2.01560.23114180.1997968838697
2.0156-2.05430.2284190.20297973839297
2.0543-2.09630.21774270.19467913834097
2.0963-2.14180.22084210.19217863828497
2.1418-2.19170.21743990.18367527792692
2.1917-2.24650.20543960.18047729812594
2.2465-2.30720.19794200.17328046846698
2.3072-2.37510.20214260.17517992841898
2.3751-2.45170.24190.17448063848298
2.4517-2.53940.20374230.17488034845798
2.5394-2.6410.22674250.18088029845498
2.641-2.76120.23034090.18927917832697
2.7612-2.90680.21053950.18187498789391
2.9068-3.08890.19394220.17548127854999
3.0889-3.32730.18524250.17258126855199
3.3273-3.6620.19664180.1698078849698
3.662-4.19160.20454020.16037664806693
4.1916-5.27980.16554340.15268173860799
5.2798-46.29520.18374200.18498018843896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2876-0.2231.15440.5778-0.03643.9167-0.0138-0.24950.17020.13780.0895-0.05-0.0954-0.05630.02120.1526-0.02060.01760.1577-0.06810.18483.94042.389825.3208
21.74642.2547-0.77151.98-1.0124-0.2008-0.11750.2548-1.101-0.23380.0401-0.01550.4081-0.08710.05990.6375-0.09160.02180.3849-0.11921.1368-16.208-33.74990.333
31.5606-0.40171.42190.4212-0.19271.98660.07590.36050.06140.0361-0.0544-0.0870.20250.5586-0.02310.19780.00640.04380.2982-0.01780.201727.0794-8.415322.802
40.92070.26830.2883.39291.15420.5522-0.0908-0.0419-0.33840.63020.21570.26060.52730.1063-0.10250.5710.01960.06210.3169-0.00310.385223.0859-31.480828.1705
51.4099-0.6771-0.18021.75120.74591.2595-0.0886-0.219-0.20860.25770.13590.10440.38250.0101-0.04750.43950.01090.00110.33450.02320.214418.2519-20.002438.5917
62.3775-1.6240.32852.311-1.60442.94850.1560.1039-0.2985-0.4731-0.19710.01650.86330.49870.01651.1927-0.1339-0.05820.92280.24450.80717.9294-30.835665.2117
72.7868-0.0554-0.19943.2639-0.26192.6224-0.1168-0.926-0.40820.44240.0583-0.01280.4551-0.43850.03470.3952-0.0563-0.0160.62710.02760.21139.5147-8.994956.0143
81.3432-0.46860.73090.6988-0.26671.1555-0.1137-0.22020.14470.04260.04430.1128-0.2222-0.22840.05270.23-0.00610.05170.1821-0.03320.2652-22.638713.721512.8068
91.11920.1618-0.05872.42290.50482.2155-0.004-0.3330.28790.7065-0.00840.2499-0.2878-0.0265-0.00890.39880.03350.05540.2224-0.07130.3248-16.394515.9130.156
102.366-0.43140.69281.23550.17621.30580.2182-0.4986-0.08110.1628-0.07490.24520.3899-0.0759-0.3320.68560.0260.04040.43210.02290.452416.7346-24.455337.2973
111.5044-0.75491.15010.3008-0.36031.52230.11260.0508-0.1721-0.0526-0.00190.14970.11530.0531-0.1240.2054-0.03630.00880.1555-0.00020.245-6.7681-3.4617.8521
125.2345-1.3053-0.31755.2354-0.60253.29150.22020.80860.0321-0.8358-0.1150.4685-0.3415-0.1215-0.16620.40610.0508-0.14570.4198-0.07640.3458-34.06268.3116-15.9376
130.6758-0.57450.05180.50940.07290.76290.04510.09480.0076-0.065-0.0410.0713-0.04460.01860.00390.2137-0.0275-0.00610.15360.01660.2565-15.58446.30.0359
141.2459-0.2149-1.3480.11740.53892.69450.09380.06080.71750.0634-0.2968-0.0689-0.70610.30050.16720.384-0.1361-0.00140.33990.05060.4357.941313.46638.7559
151.3887-0.28770.35020.5193-0.63751.6343-0.13-0.03080.1544-0.02650.0216-0.042-0.1860.06370.11820.2197-0.02990.00040.2026-0.03170.26892.58217.009822.4446
163.06593.287-0.02946.2188-3.95225.7085-0.0618-0.30590.43620.6742-0.1274-0.0123-0.9194-0.57390.13670.26710.0521-0.03740.2979-0.06210.23989.68217.964330.3915
173.2125-0.98030.39660.2975-0.08850.35050.04380.56130.61-0.016-0.167-0.1918-0.07460.36880.12010.1995-0.0430.02280.41710.050.319125.59450.351615.9707
184.56994.3232-4.77594.1073-4.53085.001-0.1730.8146-0.774-1.0389-0.1635-0.72061.34110.60460.2920.43560.1320.08250.6207-0.10460.365627.3972-14.59329.2623
193.09780.1326-0.32422.8655-1.44612.4129-0.0210.32890.64080.1055-0.0717-0.3994-0.21760.3110.06380.1638-0.0449-0.00470.3750.02640.367225.3272-0.427116.3247
203.7249-1.7883-2.69153.00090.49464.3887-0.56220.39790.49670.43170.06971.0567-0.3487-1.1820.34290.34560.1705-0.02290.479-0.080.7974-27.586612.902227.8284
210.3335-0.17470.27770.7070.06291.1382-0.0964-0.4425-0.46030.50210.17570.26420.28010.0984-0.17670.52060.09890.08770.38780.12160.33810.0916-20.539429.4408
227.3021-2.6854-1.05581.1166-0.07162.0858-0.25170.16060.9080.26620.1031.3711-0.7551-1.0842-0.03130.37470.2054-0.00460.6165-0.06460.9745-28.66615.956826.8336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 99 )A1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 324 )A100 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 325 through 643 )A325 - 643
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 644 through 750 )A644 - 750
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 751 through 927 )A751 - 927
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 928 through 1065 )A928 - 1065
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1066 through 1176 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1177 through 1424 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1425 through 1622 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 11 through 30 )B11 - 30
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 31 through 40 )B31 - 40
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 41 through 55 )B41 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 56 through 60 )B56 - 60
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 61 through 65 )B61 - 65
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 66 through 70 )B66 - 70
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 71 through 80 )B71 - 80
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 81 through 85 )B81 - 85
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 86 through 94 )B86 - 94
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 11 through 30 )C11 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 9 )D1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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