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- PDB-5b2h: Crystal structure of HA33 from Clostridium botulinum serotype C s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2h
タイトルCrystal structure of HA33 from Clostridium botulinum serotype C strain Yoichi
要素HA-33
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Hemagglutinin (ヘマグルチニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / HA-33
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Akiyama, T. / Hayashi, S. / Matsumoto, T. / Hasegawa, K. / Yamano, A. / Suzuki, T. / Niwa, K. / Watanabe, T. / Sagane, Y. / Yajima, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Conformational divergence in the HA-33/HA-17 trimer of serotype C and D botulinum toxin complex
著者: Sagane, Y. / Hayashi, S. / Akiyama, T. / Matsumoto, T. / Hasegawa, K. / Yamano, A. / Suzuki, T. / Niwa, K. / Watanabe, T. / Yajima, S.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HA-33
B: HA-33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8433
ポリマ－65,6932
非ポリマー1501
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area23640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.517, 142.517, 126.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 HA-33


分子量: 32846.363 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: C-Yoichi / 遺伝子: ha-33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93HT5
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 5% PEG400, 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 48719 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.388 / Net I/av σ(I): 15.477 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 141410
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.80.46124160.6890.3380.5741.36699.8
2.24-2.282.90.48124100.6980.3520.5971.276100
2.28-2.322.90.43624720.7690.3180.5421.37100
2.32-2.372.90.40124390.7690.2930.4991.342100
2.37-2.422.90.35824290.830.2630.4461.369100
2.42-2.482.90.30724490.8620.2230.381.346100
2.48-2.542.90.2524370.9060.1820.3111.281100
2.54-2.612.90.21324250.9250.1550.2641.338100
2.61-2.692.90.20124560.9330.1460.251.303100
2.69-2.772.90.18324200.9460.1340.2281.381100
2.77-2.872.90.14124400.9680.1020.1751.269100
2.87-2.992.90.1124650.9790.080.1371.323100
2.99-3.122.90.09324160.9840.0680.1161.453100
3.12-3.292.90.07624540.9880.0550.0951.351100
3.29-3.492.90.05924120.9920.0420.0721.384100
3.49-3.762.90.05524340.9940.0390.0681.589100
3.76-4.142.90.04524350.9950.0320.0551.583100
4.14-4.742.90.03824520.9960.0270.0461.66999.9
4.74-5.972.90.03724300.9970.0270.0461.311100
5.97-502.90.03624280.9970.0260.0451.44699.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E4M

2e4m


解像度: 2.2→30.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.715 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 2464 5.1 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs0.1858 46254 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.36 Å2 / Biso mean: 33.575 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.08 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 0 10 305 4946
Biso mean--29.04 33.13 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9026467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93439918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8095568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.46626.126253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47715814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0731512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9123.2752272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9123.2742271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0644.9012840
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 179 -
Rwork0.238 3434 -
all-3613 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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