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- PDB-5aox: Human Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aox
タイトルHuman Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling conformation
要素
  • (SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ...シグナル認識粒子) x 2
  • ALU JO CONSENSUS RNA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / RETROTRANSPOSITION (トランスポゾン) / PROTEIN TARGETING / RNA (リボ核酸) / MOBILE DNA / SINE / LINE (ライン) / RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE (シグナル認識粒子)
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle receptor complex / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...signal recognition particle receptor complex / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of translational elongation / protein targeting to ER / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / RNA binding / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Signal recognition particle, SRP9 subunit / SRP9 domain / Signal recognition particle SRP9 / Signal recognition particle 9 kDa protein (SRP9) / Signal recognition particle, SRP14 subunit / Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit / Signal recognition particle 14kD protein / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リボ核酸 / RNA (> 10) / Signal recognition particle 14 kDa protein / Signal recognition particle 9 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Ahl, V. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Retrotransposition and Crystal Structure of an Alu Rnp in the Ribosome-Stalling Conformation.
著者: Ahl, V. / Keller, H. / Schmidt, S. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2015年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
C: ALU JO CONSENSUS RNA
D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
E: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
F: ALU JO CONSENSUS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,06315
ポリマ－97,5496
非ポリマー5149
水6,864381
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
C: ALU JO CONSENSUS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1099
ポリマ－48,7753
非ポリマー3346
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-84.9 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
E: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
F: ALU JO CONSENSUS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9546
ポリマ－48,7753
非ポリマー1793
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-69.7 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.480, 56.730, 170.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN / SRP9


分子量: 9980.502 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-86 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA II / 参照: UniProt: P49458
#2: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN / SRP14 / 18 KDA ALU RNA-BINDING PROTEIN / SRP14


分子量: 10555.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-95 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA II / 参照: UniProt: P37108

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖 ALU JO CONSENSUS RNA


分子量: 28238.771 Da / 分子数: 2 / 断片: ALU JO LEFT TRUNCATED MONOMER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細TRUNCATED HUMAN LEFT ALU JO MONOMER CONSENSUS SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.84 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4 / 詳細: 0.1M NA-MES,PH=6.4, 30%PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→56.8 Å / Num. obs: 49534 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.55 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.45
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 3.18 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8O CHAINS A AND B

1e8o


解像度: 2.04→56.746 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 78 TO 86. CHAIN B, RESIDUES 41 TO 48. CHAIN C, RESIDUES 68, 69. CHAIN D, RESIDUES 75 TO 86. CHAIN E, RESIDUES 41 TO 50. CHAIN F, ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 78 TO 86. CHAIN B, RESIDUES 41 TO 48. CHAIN C, RESIDUES 68, 69. CHAIN D, RESIDUES 75 TO 86. CHAIN E, RESIDUES 41 TO 50. CHAIN F, RESIDUES 57, 69. THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT THE CB POSITIONS. CHAIN A, RESIDUES 76, 77. CHAIN B, RESIDUE 50. MG ION COORDINATION WAS RESTRAINED. HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1539 3.1 %
Rwork0.1855 --
obs0.1866 49531 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→56.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2557 3671 29 381 6638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7239938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4723039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0401-2.10590.33051280.28234272X-RAY DIFFRACTION98
2.1059-2.18120.30931320.26344348X-RAY DIFFRACTION99
2.1812-2.26850.26421410.25264375X-RAY DIFFRACTION99
2.2685-2.37180.29021580.24474322X-RAY DIFFRACTION100
2.3718-2.49680.28721480.234336X-RAY DIFFRACTION100
2.4968-2.65320.24381270.22544331X-RAY DIFFRACTION100
2.6532-2.85810.25371370.21234380X-RAY DIFFRACTION100
2.8581-3.14570.22741510.18984390X-RAY DIFFRACTION100
3.1457-3.60080.19021480.15664351X-RAY DIFFRACTION99
3.6008-4.53630.18721380.14314404X-RAY DIFFRACTION99
4.5363-56.76760.18181310.16044483X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05810.18960.74121.06780.45430.79450.2243-0.1949-0.10540.24990.0798-0.25640.3314-0.09430.6590.258-0.0991-0.0780.4413-0.12350.306128.0401-1.012234.7206
23.2189-0.3420.97440.9409-1.98444.2027-0.0874-0.25890.60180.247-0.14330.056-1.0030.2063-0.61020.313-0.05360.09010.1498-0.01430.353320.4825.465529.2256
30.02850.00310.01830.04460.03430.0354-0.03730.6874-0.2061-0.2994-0.2856-0.1235-0.29010.12060.00040.33260.04360.03890.2730.04610.407716.42540.615616.6565
41.00330.1993-0.3120.86760.36580.43650.1626-0.21730.02350.1752-0.057-0.1178-0.0950.3212-0.00530.16650.0046-0.01930.1815-0.02210.197619.9001-7.716633.0103
50.34650.4645-0.44180.6706-1.01484.42260.0228-0.4190.37310.3558-0.03590.297-0.5528-0.92891.17090.2669-0.02470.04590.3261-0.11980.267811.00821.342633.4688
63.72964.8902-6.51147.0152-9.689120.06880.17330.1817-0.3041-0.0048-0.1284-0.4191-0.05370.1330.57920.0511-0.09960.22790.09090.38455.59878.901917.3842
70.0049-0.0341-0.06731.1315-0.19832.55280.0256-0.2398-0.3787-0.01640.04620.41490.2787-0.8639-0.16190.1909-0.01610.02490.26170.02240.27272.3443-15.351632.3417
80.78230.1602-0.17140.3940.42630.8925-0.02430.1074-0.05980.08060.01750.2098-0.004-0.1339-0.09760.13170.0476-0.00370.1409-0.00440.1977.4367-10.344125.331
90.66010.75780.18933.3077-0.64630.36040.35790.36570.0132-1.1337-0.4926-0.59890.1621-0.16550.02780.35260.08770.01370.30270.04670.37067.9122-7.01169.52
100.0243-0.0311-0.06510.06770.05070.20160.04940.1460.0618-0.1457-0.0912-0.0559-0.03480.02070.30660.4760.2443-0.01160.43370.13940.33654.220.991510.8241
111.7620.0109-0.96211.955-0.32750.5801-0.2077-0.40710.18130.5279-0.1231-0.0487-0.3106-0.2228-0.72060.22380.0470.01150.1687-0.00910.24084.7937-4.773737.4599
120.79670.18050.11661.30490.06330.963-0.03050.1994-0.2096-0.0583-0.02750.01670.2573-0.13820.01770.160.00820.02210.1731-0.04510.243715.5731-26.890217.4699
130.4312-0.35690.19120.3496-0.03820.33120.17150.27320.7393-0.1917-0.03640.3845-0.22360.08630.00090.3744-0.06720.10190.3052-0.04870.452521.4129-37.01049.0565
141.55330.1562-0.66741.76080.23211.4239-0.12940.242-0.1343-0.11770.0128-0.211-0.07910.3081-0.11310.16480.02550.01670.2395-0.00080.213330.3371-15.694313.5994
154.2256-1.454-1.98421.2736-0.04983.37460.0705-0.44950.7098-0.3934-0.3143-0.1942-1.31470.67140.67150.8172-0.0121-0.24660.67710.01850.475345.6326-17.723338.8026
160.3881-0.0824-0.30090.59820.16690.2515-0.45930.247-0.0928-0.2112-0.24970.1193-0.5182-0.4634-0.10260.7570.0307-0.18260.32760.04080.624851.7656-3.478546.7611
170.29150.3471-0.2553.09920.86791.1515-0.0146-0.01540.3304-0.89740.25530.0143-0.27160.03930.22920.5026-0.0283-0.04080.2889-0.0911.147758.82123.068852.6291
180.0116-0.02410.02750.0497-0.05670.06450.0445-0.21040.29850.0440.00340.3562-0.0342-0.14040.14130.274-0.09170.03660.6379-0.29770.739661.2769-0.469966.584
191.0425-0.86910.3371.18120.10830.4471-0.17730.1920.4739-0.5069-0.07820.3491-0.1268-0.1198-0.24680.4454-0.1126-0.05290.2472-0.06670.398159.5913-10.304550.5591
200.2453-0.07740.30940.3391-0.04620.3976-0.21860.3050.6012-0.434-0.120.4164-0.04540.4076-0.02020.5328-0.13050.01420.32320.08780.612468.7097-1.287750.1394
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230.1450.0449-0.08240.0135-0.02530.04650.1327-0.0708-0.0546-0.02480.0649-0.07030.16620.11981.22830.398-0.1356-0.05850.6639-0.27160.444668.7257-7.457575.1557
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESSEQ 2:6)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESSEQ 7:20)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESSEQ 21:25)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESSEQ 26:55)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESSEQ 56:74)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESSEQ 75:77)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESSEQ 2:22)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND ((RESSEQ 23:32) OR (RESSEQ 55:75))
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESSEQ 33:40)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESSEQ 49:54)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESSEQ 76:95)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND ((RESSEQ 1:33) OR (RESSEQ 41:48))
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESSEQ 34:40)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND ((RESSEQ 49:64) OR (RESSEQ 102:118))
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND ((RESSEQ 65:69) OR (RESSEQ 99:101))
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESSEQ 2:6)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESSEQ 7:20)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESSEQ 21:25)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESSEQ 26:55)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESSEQ 56:74)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESSEQ 2:22)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND ((RESSEQ 23:32) OR (RESSEQ 55:75))
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESSEQ 33:40)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESSEQ 51:54)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESSEQ 76:95)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'F' AND ((RESSEQ 1:33) OR (RESSEQ 41:48))
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'F' AND (RESSEQ 34:40)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'F' AND ((RESSEQ 49:64) OR (RESSEQ 102:118))
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'F' AND ((RESSEQ 65:69) OR (RESSEQ 99:101))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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