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- PDB-5al7: N-terminal fragment of Drosophila melanogaster Sas-6 (F143D), dim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5al7
タイトルN-terminal fragment of Drosophila melanogaster Sas-6 (F143D), dimerised via the coiled-coil domain.
要素SPINDLE ASSEMBLY ABNORMAL PROTEIN 6 HOMOLOG
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / CENTRIOLE (中心小体) / CARTWHEEL
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body organization / centriole assembly / centriole-centriole cohesion / centrosome cycle / centriole replication / centrosome duplication / 中心小体 / ciliary basal body / 中心体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
硝酸塩 / Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Cottee, M.A. / Johnson, S. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: The homo-oligomerisation of both Sas-6 and Ana2 is required for efficient centriole assembly in flies.
著者: Cottee, M.A. / Muschalik, N. / Johnson, S. / Leveson, J. / Raff, J.W. / Lea, S.M.
履歴
登録2015年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPINDLE ASSEMBLY ABNORMAL PROTEIN 6 HOMOLOG
B: SPINDLE ASSEMBLY ABNORMAL PROTEIN 6 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4614
ポリマ－50,3372
非ポリマー1242
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.130, 64.740, 123.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, 0.016, 0.003), (-0.016, -0.999, 0.038), (0.004, 0.038, 0.999)46.614, 35.138, -1.377
2given(-1, -0.016, 0.004), (0.016, -0.999, 0.038), (0.003, 0.038, 0.999)47.174, 34.41, -0.128

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要素

#1: タンパク質 SPINDLE ASSEMBLY ABNORMAL PROTEIN 6 HOMOLOG / SAS-6


分子量: 25168.453 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL HEAD GROUP PLUS COILED-COIL, UNP RESIDUES 2-216
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETM-14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q9VAC8
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AAL68137 VARIANT, E36D, I207L

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.09 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M BICINE/TRIZMA MIX (PH 8.5), 20% W/V PEG 550MME, 10% W/V PEG 20K, 30 MM NANO3, 30 MM NA2HPO4, 30 MM (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器日付: 2011年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→41.43 Å / Num. obs: 15767 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 43.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF PDB ENTRIES 2Y3V A,B,D, 2Y3W A, B 3Q0X A,B

2y3v

2y3w

3q0x


解像度: 2.92→41.429 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 788 5 %
Rwork0.1832 --
obs0.1847 15764 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→41.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 8 33 3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0554592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6331314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9202-3.10310.3191540.25052456X-RAY DIFFRACTION98
3.1031-3.34260.25341020.21192535X-RAY DIFFRACTION98
3.3426-3.67880.22961330.18552492X-RAY DIFFRACTION98
3.6788-4.21060.2081410.16182497X-RAY DIFFRACTION98
4.2106-5.30320.17171210.14952500X-RAY DIFFRACTION97
5.3032-41.43350.19671370.19482496X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1636-0.0043-0.7352.06080.05931.69680.2377-0.03990.1628-0.0311-0.09850.11270.0919-0.1873-0.14450.2756-0.04620.00820.26520.01860.211713.134131.2552-16.1548
22.5286-0.58210.03274.51730.80861.49020.0127-0.14410.1349-0.18060.01460.26410.1215-0.09190.0010.2386-0.0581-0.01350.28490.03190.206713.775433.6998-17.1789
30.3778-0.13130.00590.0498-0.01290.0025-0.24910.47040.41410.0580.17250.04420.12880.37260.07082.40660.107-0.27462.53950.16771.448826.717911.6815-70.7963
43.75620.10470.1423.4056-0.88371.64520.0389-0.135-0.2078-0.1762-0.0558-0.3247-0.02050.22290.01260.2432-0.05820.00520.28490.00460.220335.54380.4934-17.0156
51.17270.08480.25641.6475-1.68351.80620.1537-0.4846-0.26090.4446-0.0473-0.4676-0.242-0.0417-0.05120.2808-0.075-0.02490.3783-0.02110.316732.4245-6.5887-7.9655
61.39510.1280.9470.5765-0.12556.27630.11650.83080.1925-0.8871-0.2511-0.1867-0.94870.1015-0.070.98350.10930.0580.6743-0.01360.403726.497119.5758-34.2229
71.01520.03140.03830.82840.04051.1223-0.0784-0.61830.1458-1.00080.2749-0.12260.6672-0.3318-0.17432.63040.1668-0.35452.3057-0.16231.218719.924415.719-77.7645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 88 THROUGH 184 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 185 THROUGH 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 120 THROUGH 157 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 158 THROUGH 193 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 194 THROUGH 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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