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- PDB-4fc9: Structure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv32... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fc9 | ||||||
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Title | Structure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv3220 (XopL) | ||||||
![]() | uncharacterized protein | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | : / Type III effector Xcv3220, C-terminal domain / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singer, A.U. / Xu, X. / Cui, H. / Tan, K. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the C-terminal domain of the type III effector Xcv3220 (XopL) Authors: Singer, A.U. / Schulze, S. / Xu, X. / Skarina, T. / Cui, H. / Egler, M. / Srikumar, T. / Raught, B. / Savchenko, A. / Bonas, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 224.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 190.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Details | according to PISA |
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Components
#1: Protein | Mass: 23364.004 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 474-660 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 85-10 / Gene: XCV3220 / Plasmid: p15Tvlic / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.66 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Sodium Acetate, 30% PEG 4K, 4% ethylene glycol, 0.1 M Tris 8.5, cryoprotected with Paratone-N oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→100 Å / Num. obs: 110283 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.8309 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 2854 / Rsym value: 0.519 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.541 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→28.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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