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万見
- PDB-5ahy: Halorhodopsin from Halobacterium salinarum in a new rhombohedral ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ahy
タイトルHalorhodopsin from Halobacterium salinarum in a new rhombohedral crystal form
要素HALORHODOPSIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / HALOPHILIC ARCHAEA / ARCHAEAL RHODOPSIN / LIGHT DRIVEN ION PUMP / RETINAL PROTEIN (レチナール) / ION TRANSMEMBRANE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
レチナール / Halorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Schreiner, M. / Schlesinger, R. / Heberle, J. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of Halorhodopsin from Halobacterium Salinarum in a New Crystal Form that Imposes Little Restraint on the E-F Loop.
著者: Schreiner, M. / Schlesinger, R. / Heberle, J. / Niemann, H.H.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5935
ポリマ－27,9461
非ポリマー6484
水50428
1
A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: HALORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,78015
ポリマ－83,8373
非ポリマー1,94312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-149.1 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.651, 103.651, 138.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 HALORHODOPSIN /


分子量: 27945.709 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-274 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IMINE BOND (SCHIFF BASE) BETWEEN NZ OF LYS242 AND C15 OF THE RETINAL LIGAND
由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株: L33 / 発現宿主: HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株 (発現宿主): L33 / 参照: UniProt: B0R2U4
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RETINAL (RET): C15 COVALENTLY LINKED TO LYS242 NZ VIA SCHIFF BASE
配列の詳細AMINO ACIDS 1-19 ARE MISSING (CLEAVED SIGNAL PEPTIDE), C- TERMINAL HEXAHISTIDIN-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: RESERVOIR SOLUTION: 100 MM CITRATE PH 8, 150 MM NACL, 2.1-2.4 M (NH4)2SO4. VAPOR DIFFUSION AT 296 K WITH DROP RATIO OF 1.2 TO 0.8 UL PROTEIN TO RESERVOIR. PROTEIN CONCENTRATION 6 MG/ML.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月24日 / 詳細: PT COATED SI MIRROR
放射モノクロメーター: CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→42.7 Å / Num. obs: 15809 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E12

1e12


解像度: 2.15→42.699 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 796 5 %
Rwork0.1851 --
obs0.1873 15804 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 42 28 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0712667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.599656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.28470.26191470.21142449X-RAY DIFFRACTION100
2.2847-2.46110.27441300.19142477X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.70870.25171190.17982493X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-3.10060.23651380.16672471X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.9060.19251260.17882524X-RAY DIFFRACTION100
3.906-42.70730.2181360.19162594X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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