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万見
- PDB-5afp: Neuronal calcium sensor-1 (NCS-1)from Rattus norvegicus complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5afp
タイトルNeuronal calcium sensor-1 (NCS-1)from Rattus norvegicus complex with rhodopsin kinase peptide from Homo sapiens
要素
  • NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
  • RHODOPSIN KINASE
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled opsin signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic cytosol ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / G protein-coupled receptor kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled opsin signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic cytosol / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of neuron projection development / positive regulation of exocytosis / ヘルト萼状シナプス / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / 視覚 / photoreceptor disc membrane / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / postsynapse / protein autophosphorylation / postsynaptic density / protein kinase activity / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 樹状突起 / calcium ion binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin kinase GRK1 / Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Recoverin family / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / EFハンド ...Rhodopsin kinase GRK1 / Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Recoverin family / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / EFハンド / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal calcium sensor 1 / Rhodopsin kinase GRK1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Saleem, M. / Karuppiah, V. / Pandalaneni, S. / Burgoyne, R. / Derrick, J.P. / Lian, L.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Neuronal Calcium Sensor-1 Binds the D2 Dopamine Receptor and G-Protein Coupled Receptor Kinase 1 (Grk1) Peptides Using Different Modes of Interactions.
著者: Pandalaneni, S. / Karuppiah, V. / Saleem, M. / Haynes, L.P. / Burgoyne, R.D. / Mayans, O. / Derrick, J.P. / Lian, L.Y.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年3月18日ID: 4UYC
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
B: NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
C: RHODOPSIN KINASE
D: RHODOPSIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,19312
ポリマ－48,9074
非ポリマー2868
水46826
1
B: NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
C: RHODOPSIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5745
ポリマ－24,4532
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-63.2 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
2
A: NEURONAL CALCIUM SENSOR 1
D: RHODOPSIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6207
ポリマ－24,4532
非ポリマー1665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-63.3 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.690, 93.690, 55.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (-1), (-1) / ベクター: 19.1, -22.5, 28.7)

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要素

#1: タンパク質 NEURONAL CALCIUM SENSOR 1 / / NCS-1 / FREQUENIN HOMOLOG / FREQUENIN-LIKE PROTEIN / FREQUENIN-LIKE UBIQUITOUS PROTEIN


分子量: 21902.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / Cell: NEURON / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62168
#2: タンパク質・ペプチド RHODOPSIN KINASE / / RK / G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR KINASE 1


分子量: 2550.777 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-25 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q15835
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.12M ALCOHOLS (1,6-HEXANEDIOL; 1- BUTANOL;1,PROPANEDIOL(RACEMIC); 2-PROPONOL; 1, 4-BUTANEDIOL; 1,3- PROPANEDIOL); 0.1M BUFFER 2 (SODIUM HEPES; MOPS ACID PH 7.5); P550MME_P20K 30%.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9
検出器日付: 2014年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48 Å / Num. obs: 18488 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YOU

2you
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 17.091 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25515 956 5.2 %RANDOM
Rwork0.22556 ---
obs0.22708 17512 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.34 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2988 0 8 26 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.023092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.9554105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73836615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9135362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0225.25160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32815544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6893.0271476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6823.0271475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4524.5171822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3873.3141616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 66 -
Rwork0.284 1229 -
obs--93.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7874-0.344-0.89010.8509-0.09673.18330.0360.01180.00210.00520.0271-0.06880.0522-0.003-0.06310.0089-0.0043-0.00570.1293-0.01220.10417.06760.828424.7305
20.89440.91431.0752.00670.17073.246-0.03380.04140.029-0.07720.0465-0.0445-0.16480.0597-0.01270.03480.00510.04780.1323-0.02320.1342-2.4361-23.29113.9847
37.07280.51285.88264.65741.30166.87630.11220.1951-0.19170.19990.1391-0.13280.20450.2939-0.25140.1203-0.00320.02670.2149-0.03730.14280.4399-28.6291.936
44.4075-0.7208-5.67745.6113-0.36437.68960.2337-0.02240.15630.10420.0282-0.2423-0.2884-0.017-0.26190.1754-0.0106-0.02080.2583-0.01130.223919.79026.146326.9352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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