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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5abr | ||||||
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タイトル | Structure of FeSI protein from Azotobacter vinelandii | ||||||
要素 | FERREDOXIN, 2FE-2Sフェレドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / FERREDOXIN (フェレドキシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Kabasakal, B. / Murray, J.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Fesi Protein from Azotobacter Vinelandii 著者: Kabasakal, B. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5abr.cif.gz | 96.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5abr.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5abr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13438.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) AZOTOBACTER VINELANDII (窒素固定) 株: DSM-2289 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: P82802 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPES PH 7.5, 77% V/V MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.73404 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.73404 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→42.93 Å / Num. obs: 11386 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.16 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.11→42.934 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 12.183 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→42.934 Å
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拘束条件 |
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