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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zwg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GTP-dATP-bound catalytic core of SAMHD1 phosphomimetic T592E mutant | ||||||
要素 | Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Phosphorylation (リン酸化) / Tetramer stability / dNTPase / HIV-1 Restriction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / triphosphoric monoester hydrolase activity / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / triphosphoric monoester hydrolase activity / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / 免疫応答 / 自然免疫系 / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, C. / Ji, X. / Xiong, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Impaired dNTPase Activity of SAMHD1 by Phosphomimetic Mutation of Thr-592. 著者: Tang, C. / Ji, X. / Wu, L. / Xiong, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zwg.cif.gz | 755.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zwg.ent.gz | 622.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59632.188 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 113-626 / 変異: H206R, D207N, T592E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-DTP / #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: SPG buffer, PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 82062 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 1.2 / Net I/av σ(I): 8.375 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 277496 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BZB 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 21.467 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.491 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.69 Å2 / Biso mean: 39.809 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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