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- PDB-4zhn: Crystal Structure of AlkB T208A mutant protein in complex with Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhn
タイトルCrystal Structure of AlkB T208A mutant protein in complex with Co(II), 2-oxoglutarate, and methylated trinucleotide T-meA-T
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
  • methylated trinucleotide DNA T-meA-T
キーワードOxidoreductase/DNA / beta jellyroll / oxidoreductase-DNA complex / DNA repair enzyme / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / DNA alkylation repair ...response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / DNA alkylation repair / oxidative demethylation / : / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / デオキシリボ核酸 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.333 Å
データ登録者Ergel, B. / Yu, B. / Vorobiev, S.M. / Forouhar, F. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM077360 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: DFT Studies of the Rate-Limiting Step in the Reaction Cycle of the Fe/2OG Dioxygenase AlkB and Related Experimental Studies
著者: Hall, M.L. / Ergel, B. / Miller, E.B. / Yu, B. / Rinaldo, D. / Hunt, J.F. / Friesner, R.
履歴
登録2015年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: methylated trinucleotide DNA T-meA-T
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6784
ポリマ－24,4732
非ポリマー2052
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.373, 41.373, 116.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: DNA鎖 methylated trinucleotide DNA T-meA-T


分子量: 891.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 23580.949 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 12-216 / Mutation: T208A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-24% (w/v) PEG3350, 10% glycerol, 200 mM sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→30 Å / Num. obs: 44362 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 8.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.128 / Net I/av σ(I): 33.438 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 246733
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.33-1.355.30.17617750.9720.0840.1951.07680.3
1.35-1.385.70.15922690.9810.0730.1751.088100
1.38-1.45.70.14722340.9820.0670.1621.122100
1.4-1.435.70.12922330.9850.0590.1421.12100
1.43-1.465.70.11922370.9880.0540.1311.147100
1.46-1.55.70.10522370.990.0480.1161.117100
1.5-1.545.60.09622590.9920.0440.1061.13100
1.54-1.585.60.08722320.9930.040.0961.124100
1.58-1.625.60.07822530.9930.0360.0871.11100
1.62-1.685.60.07222410.9940.0340.081.09100
1.68-1.745.60.06722220.9950.0310.0741.123100
1.74-1.815.50.06322400.9960.0290.0691.118100
1.81-1.895.50.05622830.9960.0260.0621.09699.9
1.89-1.995.50.0522080.9970.0240.0561.061100
1.99-2.115.50.04622430.9980.0210.0511.241100
2.11-2.275.50.04322410.9980.020.0471.236100
2.27-2.55.50.04122510.9980.0190.0451.169100
2.5-2.865.60.03922520.9980.0180.0431.16399.9
2.86-3.615.60.03722500.9980.0180.0411.11299.8
3.61-305.20.03622020.9970.0180.0411.195.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FD8

2fd8


解像度: 1.333→29.255 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 12.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1472 2202 4.97 %
Rwork0.1178 42110 -
obs0.1192 44312 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.71 Å2 / Biso mean: 14.3926 Å2 / Biso min: 5.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.333→29.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 63 74 250 1946
Biso mean--20.25 25.69 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.162457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.477678
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.333-1.3620.16371330.11922581271499
1.362-1.39360.17031780.104325922770100
1.3936-1.42850.14971590.101526242783100
1.4285-1.46710.14781390.097726332772100
1.4671-1.51030.13521210.0926282749100
1.5103-1.5590.15351340.092426272761100
1.559-1.61470.11731320.093226622794100
1.6147-1.67940.14791260.097226362762100
1.6794-1.75580.14861130.101326692782100
1.7558-1.84840.13911270.10726562783100
1.8484-1.96410.1451530.10826512804100
1.9641-2.11580.14291340.111426132747100
2.1158-2.32860.14481550.120326512806100
2.3286-2.66530.14211440.139426452789100
2.6653-3.35730.13321280.13526422770100
3.3573-29.26220.16881260.13552600272696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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