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万見
- PDB-4z7e: Soluble binding domain of Lmo1422 ABC-transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7e
タイトルSoluble binding domain of Lmo1422 ABC-transporter
要素Lmo1422 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC-transporter / SBD
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine betaine transport / SOS response / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
Osmoprotection protein (prox); domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / プロピオン酸 / Lmo1422 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ruiz, S.J. / Guskov, A. / Poolman, B.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO オランダ
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Substrate-Binding Domain from Listeria monocytogenes Bile-Resistance Determinant BilE
著者: Ruiz, S.J. / Schuurman-Wolters, G.K. / Poolman, B.
履歴
登録2015年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo1422 protein
B: Lmo1422 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,90110
ポリマ－66,9162
非ポリマー9858
水8,467470
1
A: Lmo1422 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0256
ポリマ－33,4581
非ポリマー5675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lmo1422 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8764
ポリマ－33,4581
非ポリマー4183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.960, 62.870, 97.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lmo1422 protein


分子量: 33457.949 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 231-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: soluble binding domain of Lmo1422 transporter
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
遺伝子: lmo1422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y775
#2: 化合物
ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸 / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M PCTP / PH範囲: 4.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97734 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97734 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.5 Å / Num. obs: 166913 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SW5

1sw5


解像度: 1.5→48.488 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 8333 4.99 %Random
Rwork0.1527 ---
obs0.155 166898 95.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4298 0 66 470 4834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2426119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0491773
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.32722800.30075303X-RAY DIFFRACTION97
1.517-1.53490.30452900.28825437X-RAY DIFFRACTION97
1.594-1.61580.26912750.23235278X-RAY DIFFRACTION97
1.8898-1.93380.21362740.15285313X-RAY DIFFRACTION96
3.6987-4.65940.14392680.1245184X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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