[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4z6q: Structure of H200N variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z6q | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of H200N variant of Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase from B.fuscum in complex with HPCA at 1.57 Ang resolution | |||||||||
![]() | Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Substrate and Oxygen Activation in Homoprotocatechuate 2,3-Dioxygenase: Roles of Conserved Active Site Histidine 200. Authors: Kovaleva, E.G. / Rogers, M.S. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 610.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 502 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z6lC ![]() 4z6mC ![]() 4z6nC ![]() 4z6oC ![]() 4z6pC ![]() 4z6rC ![]() 4z6sC ![]() 4z6tC ![]() 4z6uC ![]() 4z6vC ![]() 4z6wC ![]() 4z6zC ![]() 3ojtS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41731.277 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: H200N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 1609 molecules ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DHY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DHY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | ChemComp-P6G / ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-CA / | #6: Chemical | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.47 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 13% PEG6000, 0.1M calcium acetate, 0.1M MOPS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→45.691 Å / Num. all: 217448 / Num. obs: 217448 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 9.359 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 985392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3OJT Resolution: 1.57→45.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1505 / WRfactor Rwork: 0.1272 / FOM work R set: 0.8921 / SU B: 2.898 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / SU Rfree: 0.0682 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.22 Å2 / Biso mean: 19.323 Å2 / Biso min: 9.52 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.57→45.69 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|