PDB-4yt2: Hmd II from Methanocaldococcus jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yt2

タイトル

Hmd II from Methanocaldococcus jannaschii

要素

H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Rossmann-fold /

oxidoreductase (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Towards a functional identification of catalytically inactive [Fe]-hydrogenase paralogs.
著者: Fujishiro, T. / Ataka, K. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2015年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yt2.cif.gz	279.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yt2.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/4yt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yt4C 4yt5C 4yt8C 4tye C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yt8-d 4yt5-d 6huy-1 4yt4-1 3gnq-4 6huz-1 3l0d-d 3mcq-1 5e70-3 1r8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

B: H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338

ヘテロ分子

75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.520, 77.810, 153.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	chain A	A	A	11 - 353	4 - 346
2	LYS	LYS	chain B	B	B	8 - 353	1 - 346

#1: タンパク質	H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338 分子量: 37349.125 Da / 分子数: 2 / 断片: Rossmann-like domain, unp residues 8-353 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ1338 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58734
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 40% (v/v) PEG 300, 100 mM phosphate-citrate buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月26日

放射

モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 76381 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.92 Å² / R_merge F obs: 0.08 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.056 / Net I/σ(I): 12.08 / Num. measured all: 373503

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.7		0.605	0.565	2.94	32899	6464	6462	0.632	100
1.7-1.8		0.406	0.398	4.15	54544	10893	10888	0.447	100
1.8-2		0.197	0.207	7.18	78357	15836	15812	0.234	99.8
2-2.4		0.082	0.104	12.11	87818	18015	17951	0.118	99.6
2.4-3		0.046	0.067	17.14	58054	12190	12129	0.076	99.5
3-3.8		0.034	0.056	21.99	31668	6582	6559	0.062	99.7
3.8-4.9		0.03	0.049	24.75	15522	3462	3423	0.055	98.9
4.9-8		0.027	0.043	28.16	11103	2398	2386	0.049	99.5
8-12		0.022	0.04	30.86	2457	538	525	0.045	97.6
	12	0.023	0.036	29.95	1081	263	246	0.041	93.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SeMet-HmdII from M. jannaschii

解像度: 1.65→43.532 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	3832	5.02 %
R_work	0.1802	72479	-
obs	0.1821	76311	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.43 Å² / B_iso mean: 34.4761 Å² / B_iso min: 13.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→43.532 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5208	0	31	321	5560
B_iso mean	-	-	52.63	41.37	-
残基数	-	-	-	-	689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.434	7192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	855
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.996	2011

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3054	X-RAY DIFFRACTION	7.014	TORSIONAL
1	2	B	3054	X-RAY DIFFRACTION	7.014	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6709	0.3774	146	0.2905	2629	2775	100
1.6709-1.6929	0.3109	130	0.2793	2716	2846	100
1.6929-1.7161	0.3095	125	0.252	2607	2732	100
1.7161-1.7406	0.2824	132	0.2528	2693	2825	100
1.7406-1.7666	0.2526	143	0.2406	2658	2801	100
1.7666-1.7942	0.2835	142	0.2334	2636	2778	100
1.7942-1.8236	0.2918	135	0.2262	2678	2813	100
1.8236-1.855	0.312	136	0.217	2643	2779	100
1.855-1.8888	0.2334	143	0.2055	2672	2815	100
1.8888-1.9251	0.2438	151	0.194	2639	2790	100
1.9251-1.9644	0.2129	147	0.1932	2639	2786	100
1.9644-2.0071	0.2421	147	0.1861	2693	2840	100
2.0071-2.0538	0.2374	153	0.1845	2640	2793	100
2.0538-2.1052	0.2017	129	0.1812	2719	2848	100
2.1052-2.1621	0.1977	134	0.1799	2649	2783	100
2.1621-2.2257	0.2026	134	0.1849	2694	2828	99
2.2257-2.2975	0.2558	134	0.1864	2656	2790	99
2.2975-2.3796	0.2051	153	0.1803	2677	2830	100
2.3796-2.4749	0.2443	140	0.1796	2677	2817	100
2.4749-2.5875	0.2141	113	0.1786	2717	2830	100
2.5875-2.7239	0.2177	147	0.176	2680	2827	100
2.7239-2.8946	0.2212	160	0.1832	2671	2831	99
2.8946-3.118	0.224	160	0.1806	2703	2863	100
3.118-3.4317	0.2126	149	0.1799	2693	2842	100
3.4317-3.9279	0.1982	131	0.1581	2767	2898	100
3.9279-4.9477	0.1767	154	0.1496	2741	2895	99
4.9477-43.5467	0.2167	164	0.1817	2892	3056	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3733	-0.1351	-1.7962	1.7832	0.1015	6.3235	0.0025	-0.1058	-0.0468	0.0778	0.0225	-0.0236	0.2605	0.1429	-0.0054	0.1557	0.0071	-0.0197	0.1095	0	0.164	23.038	-44.9965	-13.8644
2	4.0578	0.6158	0.7393	7.4801	-0.0378	2.3415	0.078	-0.0874	0.3439	0.142	-0.004	-0.486	-0.1935	0.1457	-0.0562	0.1382	-0.0084	0.0242	0.1645	-0.0072	0.2186	29.3368	-30.7191	-26.0592
3	1.395	-0.7898	-0.2746	2.641	0.4142	0.6818	0.054	-0.0578	-0.0697	-0.0067	-0.0709	0.223	-0.0111	-0.0663	0.0257	0.1242	-0.017	-0.0103	0.1753	-0.0057	0.2057	9.3419	-27.6346	-25.3173
4	2.0033	-0.217	-1.0691	1.5631	0.3398	2.4593	-0.0836	-0.1666	-0.148	0.2329	0.002	0.1623	0.0752	-0.0444	0.0523	0.1904	-0.0035	0.0026	0.1262	0.0198	0.2033	11.1365	-8.9158	-15.4346
5	4.2454	2.0741	-0.365	5.8543	-0.4676	2.298	0.2003	0.1416	0.3915	0.0003	-0.0601	0.5614	-0.2697	-0.3174	-0.1092	0.2519	0.0632	0.047	0.2498	-0.0204	0.2494	-12.2892	14.7341	-16.3138
6	7.1551	-0.8448	-3.7256	3.7445	-0.7094	4.655	0.114	0.4935	-0.2524	-0.1554	-0.1037	0.1135	0.0218	-0.4128	-0.0249	0.2663	-0.0067	-0.0059	0.1855	-0.02	0.1537	4.1631	13.4596	-23.417
7	4.5257	4.9751	-3.7816	4.5835	-3.7441	2.8966	-0.0004	-0.2291	-0.0999	-0.0828	-0.1118	-0.1814	-0.017	0.0796	0.061	0.2754	-0.0362	-0.0018	0.1883	-0.0078	0.2148	2.7065	11.3864	-15.6608
8	5.4999	-1.0002	-2.7468	5.645	-0.393	3.3814	0.0557	-0.3328	0.0148	0.215	-0.0385	-0.0584	-0.2108	0.1806	-0.0681	0.2105	-0.0346	-0.0354	0.2084	0.0102	0.0941	7.1346	9.1959	-9.7111
9	1.5656	0.1054	-0.3964	2.3088	0.3109	5.2468	-0.0944	-0.1079	-0.1564	0.3012	-0.0979	-0.0349	0.5231	0.1673	0.1838	0.2054	-0.0041	0.051	0.1354	0.0149	0.2227	10.3083	-17.5632	-15.6539
10	8.1346	-0.0744	-2.6158	4.4408	2.7083	8.8324	-0.3013	-0.4475	-0.596	0.8553	-0.1492	0.5679	1.0901	0.102	0.3617	0.4341	-0.02	0.1717	0.2146	0.0518	0.586	1.424	-27.4358	-13.1895
11	7.7989	4.2866	0.1954	4.8918	-0.7171	5.276	-0.2372	0.7224	0.4161	-0.2679	0.2838	0.7589	0.0971	-0.8223	-0.0887	0.2353	0.0706	-0.0241	0.2302	-0.0306	0.3639	1.4604	-19.3408	-31.2197
12	8.7649	-1.3989	-1.2109	4.9547	-0.6263	3.3601	-0.0465	0.3328	0.3527	0.0319	-0.0429	-0.1634	-0.2775	0.2454	0.1221	0.1918	-0.0357	-0.0014	0.1477	-0.0433	0.1642	20.42	-0.1287	-27.7339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 92 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 153 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 154 through 240 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 241 through 353 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 92 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 93 through 142 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 143 through 166 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 167 through 213 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 214 through 271 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 272 through 300 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 301 through 322 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 323 through 353 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)