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- PDB-4yke: Crystal structure of eukaryotic Mre11 catalytic domain from Chaet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yke
タイトルCrystal structure of eukaryotic Mre11 catalytic domain from Chaetomium thermophilum
要素Mre11
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / nuclease (ヌクレアーゼ) / Catalytic Domain / Nuclear Proteins / Protein Binding (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mre11 complex / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / double-strand break repair / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Mre11, capping domain / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...Mre11, capping domain / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Double-strand break repair protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.783 Å
データ登録者Seifert, F.U. / Lammens, K. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the catalytic domain of Mre11 from Chaetomium thermophilum.
著者: Seifert, F.U. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mre11
B: Mre11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1886
ポリマ－125,9682
非ポリマー2204
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.722, 56.555, 304.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mre11 /


分子量: 62984.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0007600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYR3
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium citrate tribasic, PEG3350 / PH範囲: 6.8 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 199.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 25153 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル解像度: 2.78→2.95 Å / 冗長度: 6.13 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FBQ

4fbq


解像度: 2.783→49.517 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1251 4.97 %
Rwork0.198 --
obs0.2015 25153 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.783→49.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6548 0 4 60 6612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6839067
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9872553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7833-2.89470.40141100.30832253X-RAY DIFFRACTION81
2.8947-3.02650.26071390.26112648X-RAY DIFFRACTION95
3.0265-3.1860.26361300.24352676X-RAY DIFFRACTION95
3.186-3.38550.27111340.22742653X-RAY DIFFRACTION95
3.3855-3.64670.23031510.21312671X-RAY DIFFRACTION95
3.6467-4.01350.24781340.19832703X-RAY DIFFRACTION95
4.0135-4.59360.20421440.17762667X-RAY DIFFRACTION95
4.5936-5.78490.2011470.16822762X-RAY DIFFRACTION95
5.7849-41.51550.21371560.19042873X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.9959 Å / Origin y: 18.2406 Å / Origin z: -37.7695 Å
111213212223313233
T0.2193 Å20.0693 Å2-0.1074 Å2-0.1901 Å2-0.042 Å2--0.1136 Å2
L0.6101 °2-0.0559 °20.0884 °2-0.4534 °2-0.0747 °2--0.2583 °2
S0.0334 Å °0.0021 Å °0.001 Å °0.0389 Å °0.0509 Å °0.0683 Å °0.0449 Å °-0.0031 Å °0.0254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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