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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yg6 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structural basis of glycan recognition in neonate-specific rotaviruses | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Outer capsid protein VP8*キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / rotavirus (ロタウイルス) / structural biology (構造生物学) / glycan (糖鎖) | 機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 生物種 | Rotavirus A (ロタウイルス A) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | データ登録者 | Hu, L. / Prasad, B.V.V. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 | タイトル: Structural basis of glycan specificity in neonate-specific bovine-human reassortant rotavirus. 著者: Hu, L. / Ramani, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Yu, Y. / Smith, D.F. / Cummings, R.D. / Estes, M.K. / Venkataram Prasad, B.V. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yg6.cif.gz | 178.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yg6.ent.gz | 140.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yg6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4yg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4yg6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18063.570 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 65-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) 株: isolate Cow/United States/B223/1983 G10-P8[11]-I2-Rx-Cx-Mx-A13-Nx-Tx-E2-Hx 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35746, UniProt: A2T3T2*PLUS #2: 多糖 | #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M Phosphate citrate, 1.6 M Sodium dihydrogen phosphate, 0.4 M di-Potassium hydrogen phosphate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月24日 |
放射 | モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977408 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→36.2 Å / Num. obs: 93062 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YG3 解像度: 1.46→36.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→36.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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