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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ycz | ||||||
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タイトル | Y-COMPLEX HUB (NUP85-NUP120-NUP145C-SEC13 COMPLEX) FROM M. THERMOPHILA (A.K.A. T. HETEROTHALLICA) | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Structural Protein Complex (構造) / Nuclear Pore Complex (核膜孔) / Macromolecular Assemblies | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPII-coated vesicle budding / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / protein transport / 核膜 / ゴルジ体 ...COPII-coated vesicle budding / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / protein transport / 核膜 / ゴルジ体 / structural molecule activity / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thielavia heterothallica (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kelley, K. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Atomic structure of the Y complex of the nuclear pore. 著者: Kelley, K. / Knockenhauer, K.E. / Kabachinski, G. / Schwartz, T.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ycz.cif.gz | 294.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ycz.ent.gz | 221.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ycz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96425.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2306744, MYCTH_2306912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2QES5, UniProt: G2QEZ2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 103380.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2059413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2Q7J4 |
#3: タンパク質 | 分子量: 34677.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2296711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2Q2S2 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.23 詳細: 50mM Tris-HCL pH 8.23, 0.7M Ammonium Sulfate, 20mM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.1→163 Å / Num. obs: 53692 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.1→163 Å / SU ML: 0.81 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.1→163 Å
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拘束条件 |
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