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- PDB-4y4n: Thiazole synthase Thi4 from Methanococcus igneus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4n
タイトルThiazole synthase Thi4 from Methanococcus igneus
要素Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / thiazole synthase / ISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthetic enzyme, prokaryotic / Thi4 family / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48H / : / Thiamine thiazole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanotorris igneus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, X. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Iron-Mediated Sulfur Transfer in Archael and Yeast Thiazole Synthases.
著者: Zhang, X. / Eser, B.E. / Chanani, P.K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfur Transfer Strategies in Thiamin Thiazole Biosynthesis: New Insights from Methanococcus Jannaschii Thi4
著者: Eser, B. / Zhang, X. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
B: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
C: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
D: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
E: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
F: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
G: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
H: Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,98024
ポリマ－246,7468
非ポリマー5,23416
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.302, 101.302, 204.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 262
2111B2 - 262
3111C2 - 262
4111D2 - 262
5111E2 - 262
6111F2 - 262
7111G2 - 262
8111H2 - 262

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.003449, -0.996727, 0.080763), (-0.996237, -0.003569, -0.086592), (0.086597, -0.080758, -0.992965)-48.02959, -52.8374, -55.97009
3given(-0.003517, 0.996714, -0.080928), (-0.996238, 0.003515, 0.086585), (0.086585, 0.080928, 0.992952)-52.92192, -47.60289, 4.05921
4given(-1, -0.000869, -0.000124), (-0.000836, 0.985975, -0.166892), (0.000267, -0.166892, -0.985975)-100.78636, -5.09293, -60.02587
5given(0.003858, 0.996146, -0.08763), (0.99621, -0.011443, -0.08623), (-0.0869, -0.086965, -0.992414)-52.74589, 47.57592, -64.71243
6given(-1, 0.000514, 0.000366), (-0.000445, -0.985935, 0.167129), (0.000447, 0.167129, 0.985935)-100.77196, 5.02049, -0.41504
7given(1, 0.00028, -7.3E-5), (0.00028, -1, -0.000198), (-7.3E-5, 0.000198, -1)-0.00115, 0.00807, -60.46873
8given(0.003832, -0.996149, 0.087594), (0.996213, 0.011412, 0.086193), (-0.086861, 0.086932, 0.99242)-47.4527, 52.79104, -4.71057

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要素

#1: タンパク質
Putative ribose 1,5-bisphosphate isomerase / Ribulose 1 / 5-bisphosphate synthase


分子量: 30843.262 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanotorris igneus (古細菌) / 株: DSM 5666 / JCM 11834 / Kol 5 / 遺伝子: Metig_0735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6BCS4, ribose-1,5-bisphosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-48H / 2-[(E)-[(4R)-5-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-3-oxidanylidene-pentan-2-ylidene]amino]ethanoic acid


分子量: 598.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N6O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.5
詳細: 1 M Sodium citrate tribasic 0.1 M CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 136825 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/av σ(I): 2.3 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.049 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RP0

1rp0


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21597 6775 5 %RANDOM
Rwork0.19896 ---
obs0.19981 128000 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20.83 Å20 Å2
2--1.66 Å2-0 Å2
3----5.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15499 0 320 222 16041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01916163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0215721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.99221938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.621336144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70652080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28924.081615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.882152675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg151590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.023376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0744.4088296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0744.4088295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0586.60210360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0586.60210361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6844.8137867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6844.8147868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3287.06311571
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.56135.38618044
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.56135.38218006
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3939 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A2.59
B2.03
C2.1
D2.28
E2.66
F2.47
G2.38
H2.63
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 532 -
Rwork0.28 9593 -
obs--99.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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